H7N9，走遍全球都不变，一到中国就变异？

作者：顾秀林

来源：顾秀林博客

我是看H7N9热闹的，看来看去，看到贺建奎这里，新H7N9甲型禽流感,把我看糊涂了：25年的新病毒？据说，他知道美国卫生部生物技术信息库1988年关于H7N9的记录，那么他必定知道那个数据库有179项数据，178项关于H7N9；在数据库中有20多项是1988年的观察，序列1-8，从1988年起就全都有了！这事连我都能知道啊，他怎么会不知道？那个信息表叫基因库：Genebank！我没打开、比对8个序列的长短，但是每一条都标注了基因大小。

还是抄给大家看看吧。奇怪的是，不会有什么不好说的事，藏在哪个角落里面？要不就是病毒专门选择登陆中国以后才变异？从1988年美国明尼苏达一直到2012年的韩国，在那么多的地方“观察”到H7N9的踪迹，始终就在8个序列之内，一到中国就变了，难道这不奇怪吗？《H7N9的光辉足迹》http://blog.sciencenet.cn/blog-514529-678002.html

禽流感，禽流感，人死了，鸡没事。这事反倒不奇怪。

以下数据来自本人前日所写关于H7N9的同一个来源。米国卫生部。生物国防联席两主席之一。

segment 1
原编号150

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 1 polymerase PB2 (PB2) gene, partial cds

1,550 bp linear cRNA
Accession:
GU053170.1
GI:
269821041
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 2
原编号144.

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 2 polymerase PB1 (PB1) gene, complete cds

2,316 bp linear cRNA
Accession:
GU053169.1
GI:
269821847
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 3
原编号143

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 3 polymerase PA (PA) gene, complete cds
2,208 bp linear cRNA
Accession:
GU053168.1
GI:
269822609
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 4
原编号142

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 4 hemagglutinin (HA) gene, partial cds

1,220 bp linear cRNA
Accession:
GU053163.1
GI:
269826340
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 5
原编号149

Influenza A virus (A/ruddy turnstone/Delaware/629/2000(H7N9)) segment 5 nucleocapsid protein (NP) gene, complete cds

1,540 bp linear cRNA
Accession:
GU053166.1

segment 6
原编号 145.

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 6 neuraminidase (NA) gene, partial cds

983 bp linear cRNA
Accession:
GU053165.1
GI:
269820389
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 7
原编号 146.

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 7 matrix protein 2 (M2) and matrix protein 1 (M1) genes, complete cds

1,002 bp linear cRNA
Accession:
GU053164.1
GI:
269825778
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

segment 8
原编号 147.

Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/38429/1988(H7N9)) segment 8 nuclear export protein (NEP) and nonstructural protein 1 (NS1) genes, complete cds

865 bp linear cRNA
Accession:
GU053167.1
GI:
269824539
GenBank FASTA Graphics Related Sequences

新H7N9甲型禽流感的起源和基因组进化（初步发现） 精选

已有 8197 次阅读 2013-4-7 22:23 |系统分类:科研笔记|关键词:禽流感 H7N9

http://blog.sciencenet.cn/blog-514529-678002.html

新H7N9甲型禽流感的起源和基因组进化

贺建奎，宁绿文，童寅

南方科技大学生物系

(本英文版论文已经在ArXiv上发布： http://arxiv.org/abs/1304.1985)

前言/摘要

新H7N9甲型禽流感自4月1日国际卫生组织正式公布以来，截止到4月7日，中国已经有18例确诊。大部分确诊的病例的病情严重，6人已确认死亡。目前尚未发现人与人之间传播，并且确诊的案例彼此并无关联。然而，我们对这个新的病毒的许多方面都不了解，包括它的传播性，致病性和起源，因此，导致了我们在判断这个病毒是否会造成瘟疫时存在不确定性，以及我们的公共健康管理部门应该如何正确的应对。本文报道了我们对新H7N9甲型禽流感的起源和基因组进化的研究，初步的结果表明这个病毒是一个全新的病毒，是由三个病毒重组后产生的(H9N2, H11N9,和H7家族)。同时我们也发现这个病毒已经开始产生新的变异。

研究结果

一，一个全新的病毒

中国杭州疾控中心和WHO中国流感中心共采集，分析了4个新H7N9甲型禽流感的基因组，并在GISAID数据库上公布。我们用这4个基因组以及1193个已知的流感各亚型的基因组，做了一个全面的系统生成树和进化分析。我们的结果表明，在新H7N9甲型禽流感的8个基因中，表面血凝素haemagglutinin蛋白基因来自于H7亚型病毒;神经氨酸酶neuraminidase基因来自N9家族禽流感，目前尚不能断定是H11N9还是H7N9; 其余6个内核基因都来自H9N2。也就是说新H7N9甲型禽流感是由这三个病毒的基因重组产生的一个全新的基因。（见图一）

二，病毒开始变异

我们用系统生成树方法研究了4株新H7N9甲型禽流感的表面血凝素haemagglutinin蛋白基因，发现有一株有明显的相对其它三株的变异（见图二）。我们在haemagglutinin全长560个氨基酸中，发现了A/Shanghai/1/2013病毒有8个变异。这说明新H7N9甲型禽流感有很强的变异能力。由于表面血凝素haemagglutinin蛋白是病毒用来吸附感染动物细胞的，它的高变异能力可能导致它传播感染能力和治病能力的变化，这需要引起我们的特别注意。

三，新H7N9甲型禽流感不是由经典的H7N9进化而来

H7N9早在1999年就已经开始在文献中报道了，我们将此前报道和发现过的H7N9称之为经典H7N9. 我们将2013新H7N9以及经典H7N9等做了系统生成树研究，发现新的H7N9和经典H7N9的相似性远不及H9N2, H11N9和H7N3. 这说明2013新H7N9不是从经典H7N9进化而来。

四，基因重组的地点可能在江浙一带

我们通过序列比对和blast的结果发现，与新H7N9禽流感病毒最接近的病毒多为江浙地区的家禽和野禽。这个此次人感染的地点重合。尤其是H9N2在东亚地区已经传播多年。因此我们推测本次基因重组的地点可能在江浙一带。

注一：本文的英文原文已经于2013年4月7日在arXiv.org上发布,题目” Origins and evolutionary genomics of the novel 2013 avian-originH7N9 influenza A virus in China: Early findings”。本文为英文原稿中的部分内容。

注二：本文原作已经提交至杂志，版权所有。

注三：联系人:贺建奎， email: [e-mail], 电话：[phone]

注四：本文为基础研究，只可作为专家研究交流之用，不可作为医学，临床用途。流感疫情，预防，治疗等方面的信息请以国家疾病控制中心为准。

原文链接：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6188d2520102ebwj.html

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