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小七 2018-05-23


iTOL在线工具 tree of life


这个软件是一个在线的展示,编辑,注释和管理系统发生树的工具。 可以使你利用浏览器来实现对树的操作和处理。(小编英语有点差,大概其就是这个意思)

主要功能


  • : introduction to basic functions

  • : annotating trees interactively and with external datasets

  • : working with workspaces and projects in your iTOL account


这里,我主要upload 一个树 展示先基本编辑的功能


基本编辑


首先点开上传一个树。记得给树起一个牛叉的名字,比对Animal_phy_evo(高达上)  支持三种上传格式:supported format (Newick, Nexus or PhyloXML)

(不了解的自行百度,或者等待我们后期更新)

支持两种形式的上传,直接粘贴,或者上传文件。


举例:((human,mouse),dog);

上传后展示如下:



选中某个边,之后可以直接对这个边进行编辑:颜色,类型,字体类型,物种名字,树形结构等。

边加粗之后的效果展示:

另外肯定有人会问,可不可以批量的处理,比如对多个一起该颜色,一起加背景。

答案是肯定的:itol.embl.de/help.cgi 提供了详细的配置文件,这里我就不废话。大家有问题互相学习。另外还有其和其他数据库比对注释的情况,我也没有研究过,大家自己学习吧,总之这个东西很牛叉,想要好好的学习,还得亲自操作下。


官网部分作品展示



Binary dataset with multiple columns




3 simple bar chart datasets with a custom scale



Two pie chart datasets, one with internal and one with external pie charts



               

10 value bar chart dataset with aligned fields




Example protein domain architecture dataset, exported from .


另外还有一个很牛叉的在线工具:

EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees

网址:http://www.evolgenius.info/evolview/


希望大家有所收获。欢迎大家关注



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