1、公司给的转录组分析结果KEGG怎么看？

首先公司给的KEGG注释，主要是看差异基因的KEGG注释，看有没有咱关注的基因注释到相关通路上（pathway了）。那么怎么看呢？首先就要明白KEGG各种框框的颜色了（下面介绍的都是KEGG产生的html格式的文件，不要看PNG文件奥！）

1）红色：代表上调的差异基因。点击红色的框框，左上角会出现的该框框的相关信息,包括gene ID和表达值上调的倍数。（每个框框可能存在多个基因奥！）

2）绿色：代表下调的差异基因。点击绿色的框框，在左上角会出现该框框的相关信息,包括gene ID和表达值下调的倍数。（每个框框可能存在多个基因奥！）

3）蓝色：代表既存在上调的基因也存在下调的基因。点击蓝色的框框，在左上角会出现该框框的相关信息,包括下调或上调gene ID及其对应的倍数。（每个框

框可能存在多个基因奥！）

4）白色框框。代表差异基因没有注释到该框框里，所以啥信息也没有！

现在你可明白怎么看了吧！就是那些上调下调的基因了，快去抓吧！哈哈！

2、问题又来了，我期望的一些基因，公司给的数据没注释到KEGG，那怎么办？当然有办法了。一些没注释到KEGG的，那咱就自己用最新的KEGG数据库去注释一下，看看到底是什么情况！公司的可是老数据库啊！

1）KEGG官网：http://www.kegg.jp/。最下面有几个工具：

 Analysis tools

KEGG Mapper

KEGG PATHWAY/BRITE/MODULE mapping tools

KEGG Atlas

Navigation tool to explore KEGG global maps

BlastKOALA

Genome annotation and KEGG mapping##支持多序列blast

GhostKOALA

Metagenome annotation and KEGG mapping

BLAST/FASTA

Sequence similarity search###单序列blast

SIMCOMP

Chemical structure similarity search

2）主要使用进行批量递交了(宏基因组可以使用)。该工具相关文献今年刚发表在Journal of Molecular Biology上：

Kanehisa M, Sato Y, Morishima K. BlastKOALA and GhostKOALA: KEGG Tools for Functional Characterization of Genome and Metagenome Sequences[J]. Journal of Molecular Biology, 2016, 428(4):726-731.)

3）具体步骤了：

登录到主界面后出现下图，上传蛋白文件或粘贴蛋白序列，并选择该序列所在的物种。

物种信息要填写NCBI中Taxonomy 数据库中的该物种的ID（懒人则会选择大的分类了，哈哈）。

最后填写自己的邮箱，然后你会收到确认提交任务命令的链接，然后点击，坐等结果了！

4）结果分析。

下面就是结果了，我5条序列，2条注释上了。

那么这2条注释到哪里了呢，点击Annotation data 旁边的View ，得到如下表：

上表中KO表示生物体内序列相似或功能相近的一类蛋白。该结果表明第一个基因注释到了KO分类中的中K00600中。

点击K00600，出现如下界面就会找到pathway了（小写ko号，此处该基因参与多个pathway）。

点击Ko号即会出现你想要的图了。

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