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sxr 2018-05-23

        首先祝大家节日快乐,当然小编还在小镇加班中。不过这个并不耽误小编为祖国母亲庆生的热情。于是乎小编连续加班整理,终于生信人文章系列:杂谈组装搞定了。

杂谈组装,是近三年来,生信人在公众号上原创的关于组装的话题文章。打击范围巨大,包括基因组的重要性介绍,基因组组装(细菌,病毒,小基因组,大基因组),基因组组装技术(二代,三代,Hi-C),转录组组装新进展,组装结果评估,最新技术比较和评论等等。

本资料适合那些对生物信息爱好,对组装技术热爱的小白们,文章内容简单,语言活泼,实在国庆假日旅游,闲逛,上厕所,随手一翻的经典电子读物。


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声明:文章为电子版,一定要留邮箱,然后晚上统一发。


摘抄部分内容


  • 1、抢占一个高质量的基因组,不亚于占领一个狙击的高地。

  • 2、从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的。

  • 3、如果说传统的测序仪类似传统互联网,那么Nanopore 就是今天

  • 的移动互联网。

  • 4、当然肖老师,是个工作狂,一看搞下去有前途,还返场优化了下

  • 其他部分。

  • 5、这里是婶婶也不能忍受的地方。

  • 6、单纯跑软件组装后没有用热图评估的绝对也是耍流氓。

  • 7、最近女神节,不流行撒狗粮虐狗,流行虐前任。

  • 8、CEGMA 自己说BUSCO 已经把我踢走了


目录


一、基因组介绍

为啥要做基因组

三思后行的基因组项目

英文版基因组名词解释

二、小基因组装策略和方法

叶绿体组装.

线粒体基因组测序策略和方法.

细菌完成图组装软件简单介绍.

细菌基因组研究的变化

利用二代测序技术鉴定病毒.

高通量检测病毒的方法研究

三、大基因组组装

三代组装小基因组研究综述

个人电脑组装基因组

Hi-C 辅助基因组组装

Hi-C 辅助基因组组装现状

一款很傅园慧的杂合基因组组装软件

山羊基因组的爱情观

四、转录本组装

转录本组装哪家强

全长转录组你必须要看的

StringTie:一个转录组软件

HISAT, StringTie and Ballgown

五、综述与评论

10X,Chicago 和HI-C 组装谁会赢?

漫谈组装

基因组研究的常规套路

比较基因组学对进化和人类疾病的研究

组装技术新进展

六、组装结果评估

N50 多少,证明组装的好

基因组评估方法介绍

BUSCO:基因组组装完整性评估

JBrowse 安装

使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse

参考文献



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