Microbiome | 加州大学伯克利分校综述全息组学技术,用于破译植物-微生物组的相互作用!
宿主-微生物组相互作用对宿主健康的重要性已得到公认(Nature | 年度重磅合集:植物微生物组!Nature Reviews Microbiology | 植物-微生物互作:从群落组装到植物健康;Science重磅 | 北卡教堂山分校和诺丁汉大学研究揭示微生物改变植物根系通透性!Nature | 重磅!Jeff Dangl团队揭示微生物组中的单一细菌属维持根的生长;Current Opinion in Plant Biology | 德国马普所综述微生物组-根-茎-环境与植物胁迫的关联!)。对宿主-微生物组关系的分子基础的进一步了解将提高我们准确预测宿主适应性和操纵相互作用结果的能力。在植物微生物组研究领域内,解开植物及其微生物伴侣之间的功能关系是有效利用微生物组改善植物适应性的下一步。全息组学是一种有用的工具,可用于我们对植物-微生物组相互作用的基本生物学深入了解的过程。这一策略的采用将反过来促进和推动其他测序-数据整合分析技术的发展,这些技术可能会在植物生物学领域之外产生效益。最后,研究人员相信,这条道路的探索将鼓励微生物和植物生物学家以及生态学家,统计学家和计算机科学家共同努力,开发出整合各种科学观点的统一实验框架。正是这个在技术和概念上统一整个科学界的方法的过程,也许仍然是让我们更全面地看待我们的自然世界的最大挑战。
2021年3月24日,国际权威学术期刊Microbiome发表了美国加州大学伯克利分校Devin Coleman-Derr团队的最新相关研究成果,题为Holo-omics for deciphering plant-microbiome interactions的研究综述。
在这篇综述中,研究人员提出,将宿主和微生物数据集配对的策略--这里被称为全息组学(holo-omics)--为这一领域的假说发展和进步提供了一种强有力的方法。研究人员讨论了几个实验设计的注意事项,并提出了一个案例研究,以强调全息组学的潜力,以产生更全面的植物微生物组系统内的分子网络的观点。此外,研究人员还讨论了进行全息组学研究的最大挑战,特别是缺乏经过审核的分析框架、公开可用的工具以及处理和整合异质数据所需的技术专长。最后,研究人员总结了关于全息组学研究的适当用例、下游验证的需求以及在植物微生物组研究领域有前景的新实验技术的观点。研究人员认为,利用全息组学方法来表征宿主-微生物组的相互作用,可以为拓宽系统层面的理解提供重要的机会,并为改善宿主健康和适应性的微生物方法提供重要信息。
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