Nucleic Acids Research | 最新植物抗性基因数据库：PRGdb 4.0！

绿色植物在世界上几乎所有的生态系统中都无处不在，是食物和各种产品的基本来源。如今，全世界近40%的农作物产量因病虫害而损失。由于这个原因，植物育种家和研究人员付出了巨大的努力来寻找参与植物抗病机制的基因。通过进化，植物已经发展出识别潜在病原体和捕食者的能力，并激活防御机制来对抗它们。这些机制的激活是基于所谓的病原体识别基因（PRG）所编码的特定受体。重要的是，通过研究单个基因获得了关于植物-病原体相互作用的知识。然而，病害反应受高度连接的基因网络以及各种过程和途径之间的串扰调节。迄今为止，已经在植物-病原体相互作用领域进行了大量转录组研究，将转录组学作为一个合适的平台来阐明这种相互作用的分子机制的复杂性。尽管在组学和生物信息学领域取得了进展，但数据探索性分析仍然是一项繁琐的任务，并且使用生物信息学工具来研究PRG对科学界的很大一部分仍然具有挑战性。PRGdb是为了填补这一空白而开发的，通过这里介绍的更新版本，它可以作为研究参与植物抗病过程PRG基因的参考。

2021年11月24日，国际权威学术期刊Nucleic Acids Research发表了意大利那不勒斯费德里克二世大学Maria Raffaella Ercolano团队的最新研究成果，题为PRGdb 4.0: an updated database dedicated to genes involved in plant disease resistance process的研究论文。

植物抗性基因数据库（PRGdb; http://prgdb.org/prgdb4/）得到了极大的扩展，与越来越多的可用知识和数据（测序的蛋白质组、克隆的基因、公共分析数据等）同步。数据库网站易于使用的风格得到了保持，同时增加了一个更新的预测工具、更多的数据和一个新的部分。这个新部分将包含植物抗性转录组实验，提供更多易于获取的实验信息。DRAGO3是PRGdb背后的植物抗性基因自动注释和预测工具，其准确性和敏感性都得到了提高，从而使预测结果更加可靠。PRGdb提供了199个参考抗性基因和来自182个测序蛋白质组的586.652个推测抗性基因。与前一版本相比，PRGdb 4.0将参考抗性基因的数量从153个增加到199个，推定抗性基因的数量从76个蛋白质组的177K增加到182个测序蛋白质组的586K。创建了一个新的部分，收集了农业上感兴趣的五个物种的植物-病原体转录组数据。因此，通过这些改进和数据扩展，PRGdb 4.0旨在作为全世界植物科学界和育种者的参考，帮助进一步研究有助于对抗病原体的植物抗性机制。

表 1. 添加到 PRGdb RNAseq的植物病原体转录组数据

图1. 植物病原体差异表达分析的扩展部分

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