微生物测序样本准备难？那就看这里！
在微生物测序中，样本的准备从根本上是确保获得高质量DNA的前提，而样本准备也正是让众多微生物科研工作者感到困扰的重要一步。今天小编就给大家分类介绍一下常见的微生物样本类型及采样方法。有需要的记得mark一下哦~
医口样本类型
农口样本类型
医口常见样本采集方法
1. 粪便样本采集
1）准备好便盆和粪便容器，洗手，带上手套收集新鲜的粪便样本；
2）在实验室将装好受试者粪便样本，立即放在冰上进行分装并标记；
3）用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部（粪便表层含有肠粘膜脱落细胞），外部容易污染，且接触空气后，部分细菌 DNA 开始降解；
4）用灭菌离心管每管称取0.5-10g左右粪便样本，每个样本取多管备份；
5）分装好后，若当天提取DNA，可以先放4°C，长期存放需先迅速放入液氮中，之后立即放入-80°C保存。
注：如粪便样品量较多或不能马上收集，最迟要在2小时之内全部收集完。
2. 肠道内容物样品采集
1）在实验对象死亡后，用无菌解剖刀，在无菌状态下取出整个肠道，切取所需肠段的内容物（条件允许的话，可在无菌操作台进行）；
2）用无菌手术刀挖取内容物，立即放在冰上进行分装并标记；
3）用灭菌离心管分装，单个样本取样量：0.2-0.5g/管。为保证实验顺利进行，每个样本取多管备份，在采样允许的情况下，尽量多采集样品；
4）分装好后，若当天提取DNA，可以先放4°C，长期存放需先迅速放入液氮中，之后立即放入-80°C保存。
3. 肠道组织样本采集
1）组织样本用无菌磷酸盐缓冲液轻轻清洗，直到没有内容物流出；
2）用无菌的显微镜玻片刮取附着在表面的组织细菌进行DNA的提取；
3）长期存放需先迅速放入液氮中，之后立即放入-80°C保存。
4. 生殖道样本采集
1）48h内无性行为，不得进行私处清洗、上药等改变菌群结构的行为，30天内不能用抗生素和抗真菌类药物；
2）用无菌棉签充分取样，用无菌剪刀剪下棉签头部，放入装有Amies培养基的无菌离心管中，置于冰上带至实验室-80℃保存；
3）样本珍贵，需进行多管备份保存；
4）提取DNA时将棉签解冻，漩涡处理5min以重悬细胞。
5. 唾液样本采集
1）收集唾液样品时，用蜡胶刺激口腔分泌唾液，然后用5mL的无菌离心管收集1mL；
2）所有的样品收集完后放于-80°C下保存。
农口常见样本采集方法
1. 普通土壤样本采集
1）根据研究目的确定采样范围，取样器具要事先消毒灭菌处理，开始采样；
2）去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20cm的土层；
3）去除可见杂质后，土壤过2mm筛网，每个样品从3个及以上采样点采集并混合而成，每5～10g分为一份；
4）保存于无菌离心管中，置于0℃以下运回实验室，用于抽提DNA；
5）如不能马上提取，置于-80℃保存。
2. 根际土壤样本采集
1） 使用的器具要事先消毒灭菌处理，采集20cm深的根际土壤于50mL的无菌管里；
2） 用20目的筛子过筛，去除植物根、动物残骸以及其他杂质后分装到无菌离心管里，每管3~5g，迅速放在液氮里储存；
3） 密封后立即放于-80℃储存备用。
3. 水体样本采集
1） 根据研究目的确定采样深度和范围；
2） 采集好的水样需要通过滤膜进行过滤，可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜；
3） 将滤膜-80℃保存备用。
注：清亮水样：可选择小孔径的滤膜，一般选0.22μm或0.45μm的滤膜，过滤水样体积大于10L；
浑浊水样：过滤前静置分离悬浮颗粒，也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍，再用小孔径的滤膜进行过滤。
4. 活性污泥及沉积物样本采集
活性污泥：从曝气池中取25mL悬浮的活性污泥样本放入无RNA酶的管中，迅速放入液氮并运送到实验室提取DNA；
地表沉积物：取距地表0-10cm的地表沉积物，每个位点取1-2kg的沉积物装入消毒聚乙烯塑料袋中，立刻置于0℃运到实验室进行DNA提取。
5. 植物内生菌样品采集
1）用流水冲洗植物根样本表面并摘到小侧根，粘根土壤粒要进行化学消毒（95%的次氯酸钠2min）；
2）用无菌玻璃珠在无菌水中剧烈摇晃，物理去除细菌；
3）用手术刀片划开根部组织以释放内生菌；
4）用无菌玻璃珠在9%的生理盐水中振荡，在30℃的条件下振荡4h以分离内生菌；
5）用5μm滤膜过滤，15000rpm，4℃离心收集沉淀并置于液氮中保存。
“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”，科研之路神秘又漫长，需要我们不断摸索前进。对于微生物科研工作者而言，想要得到好的测序结果，首先要有高质量的样本，今天小编给大家分类整理的微生物取样方法，希望可以帮助解决您的取样困扰。
其实在之前的微信推送中，小编也给大家整理过一期比较详细的非常规样本采集方法，详细内容请戳链接：微生物多样性研究非常规样本取样方法大放送
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微生物业务线 杨 萍丨文案
王 迪丨编辑
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