ATAC-seq 研究热点
ATAC-seq 研究染色质的可及性,即某个时间点同时进行转录的 DNA 区域。这部分区域的染色质 DNA 被打开,因此可以被 DNA 聚合酶、转录因子、转录调控因子所识别、调控。上期着重给大家介绍 ATA-seq 的基本知识以及我们丰富的物种经验,具体可参考《这些年,我们一直追的 ATAC!》。本期主要给各位介绍 ATAC-seq 的三种技术应用,来看一下 ATAC-seq 如何研究核小体定位,以及与转录组、Chip-seq 的联合分析。
ATAC-seq 与转录组关联分析
图1 ATAC-seq 信号和 RNA-seq 表达谱联合分析
ATAC-seq 与 Chip-seq 关联分析
图2 ATAC-seq 与 Chip-seq 的关联分析
核小体定位
核小体定位是指 DNA 双螺旋相对于组蛋白八联体的位置,核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控。核小体定位在诸如转录调控、DNA 复制和修复等多种细胞过程中起着重要作用。基因组上核小体位置的确定涉及 DNA、转录因子、组蛋白修饰酶和染色质重塑复合体之间的相互作用,也是目前表观遗传学研究的热点。
2020年,Nucleic Acids Research 在线发表了维塔礼炮圣拉斐尔大学题为《Nucleosomes effectively shield DNA from radiation damage in living cells》的研究工作,该研究利用 ATAC-seq 发现在活细胞中,核小体有效地保护 DNA 免受辐射损伤。为探讨在 shHMGB1 MM 细胞中核小体的定位和占用是否受到影响,作者应用 ATAC-seq 来鉴定 shCTRL 和 shHMGB1 细胞中开放染色质区域中的无核小体区域和核小体,确定核小体在富含核小体的恶性间皮瘤细胞的基因组中的位置。结果发现,在 MM 细胞中的 HMGB1 下调通过减少核小体的数量和它们的相对占用来改变染色质的形成,而不是它们的位置。
图3 核小体定位
ATAC-seq 技术常用于核小体定位,转录因子结合分析等研究。目前,分析表观遗传调控的形式经常将 ATAC-seq 与 RNA-seq、Chip-seq 联合分析,探究发生调控功能的关键转录因子,以及特定转录因子的靶基因。诺禾对于 ATAC-seq 技术有专业的分析团队,对于 ATAC 检测及分析需求,欢迎联系本地诺禾销售精英。参考文献[1]Yin S, Lu K, Tan T, et al. Transcriptomic and open chromatin atlas of high-resolution anatomical regions in the rhesus macaque brain[J]. Nature Communications, 2020, 11(1).[2]Sarah K, Denny, Dian, et al. Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility[J]. Cell, 2016.[3]Francesca B, Manuel G M J, Emanuele M, et al. Nucleosomes effectively shield DNA from radiation damage in living cells[J]. Nuclc Acids Research.
.
表观遗传研究部 秦 雷 | 文案
孙翠翠丨编辑
图片来源于网络,侵删