首发 | 诺禾致源动植物基因组数据库A+版全新上线

基因组数据库是近年来高水平文章中的流行趋势，也是科研工作者的有力助手。

千呼万唤始出来，经过紧锣密鼓的调研和多轮测试，动植物基因组数据库A+版终于与大家见面了。下面就让我们来一睹A+版本的真容吧！
九大模块A+版数据库主要有三大展示模块和六大功能模块，共九大模块。三大展示模块包括Home、Genomes、Contact，主要用于展示数据库、基因组和比较基因组基本信息。六大功能模块包括Blast、JBrowse、Search、Pathway、Tools和Download，其中Tools中又包含Sequence Fetch、TE和KEGG/GO富集功能三个小工具。
三大展示模块

三大展示模块主要包括Home、Genomes和Contact模块。其中，Genomes中可以展示基因组组装、注释、Circos图、系统发育树（需多个基因组）和共线性（需多个基因组）图表。

图1 数据库主页图2 Genomes展示基因组组装、注释、Circos图、系统发育树（需多个基因组）和共线性（需多个基因组）图表图3 Contact模块便于用户联系开发者
六大功能模块六大功能模块包括Blast、JBrowse、Search、Pathway、Tools和Download，其中Tools中又包含Sequence Fetch、TE（转座子）和KEGG/GO富集功能三个小工具。Blast允许用户在线将自己感兴趣的序列与数据库中的基因组DNA或蛋白序列进行比对。图4 Blast输入和输出（部分）JBrowse可以将基因组序列可视化，方便查看对应序列的结构和功能。图5 JBrowse可视化界面Search模块中，可以通过Gene ID、Function description、KEGG Pathway / Ortholog ID、GO、InterPro等关键字搜索对应的信息。图6 Search输入和输出Pathway模块可以搜索和查看特定pathway。图7 Pathway交互界面Tools包括Sequence Fetch、TE搜索和功能富集。Sequence Fetch中，可以通过染色体名、起始和终止位置提取序列。TE搜索中提供TE列表和gff3下载、TE搜索功能。功能富集中，可以通过基因列表进行KEGG/GO在线功能富集。图8 Tools交互界面，包括序列提取、TE搜索和功能富集Download界面可以下载基因组的全基因组FASTA、PEP、CDS、GFF3等文件。图9 Download数据下载界面以上即为数据库界面功能的简要介绍。九大模块满足您的数据存储、下载和数据分析需求。此外，如果您有个性化定制需求，欢迎联系我们，我们将为您进行全面的可行性分析评估。


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