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史上最全RNA送样建议,收藏这一篇就够了!

孙依然 诺禾致源科服 2023-02-12

随着二代测序技术的发展,RNA-seq技术以其高通量、高灵敏度的特点广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发等多个领域。在RNA-seq技术的工作流程中,样本制备是其中的基础环节,而好的样本质量是实验成功的前提。

诺禾致源在基因测序领域深耕十年,在RNA-seq项目中积累了上百万个样本的处理经验,对RNA样本可能遇到的质量问题有深入分析和研究。其中约60%为RNA降解,30%为RNA总量不足。为帮助科研用户获得最佳质量的RNA样本,本文将从样本采集、保存、运输等方面教您如何有效改善您的样本状态。



01样本采集


1. 防止外源RNA酶导致的降解
外源RNA酶导致降解是样本制备过程中最常见的风险之一。在样本采集过程中,要确保实验试剂、器械、环境、实验人员等,无外源RNA酶污染。可将实验用品采用DEPC灭菌处理,或直接购买RNase-free的实验耗材;同时实验人员应遵循“操作快,加样准”的原则,避免一次操作时间过长,增加RNA降解风险。
2. 防止内源RNA酶导致的降解
某些富含RNA内源酶的部位(如脾脏、胸腺)本身就容易降解,建议在液氮条件下将组织碾碎,且匀浆时使用更多裂解液。
3. 分管保存避免样本污染和降解
取样前先明确一次提取的组织量(见表1),取样后按照一次提取的量分管保存,避免二次分管和并管造成的污染和降解。
表1 送样量建议

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4. 选择高丰度组织部位提高RNA总量

不同组织部位的RNA丰度不同,需尽量选用高丰度的组织部位如肝脏、脾脏、心脏(见表2)。如需使用核酸不丰富的部位,可按照丰度表和送样建议表进行计算,酌情增加送样量。

表2 RNA丰度

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02样本保存


选择最佳的保存方式降低样本降解的风险

保存方式也是影响样本质量的重要原因。组织类型不同,保存方式也不同(见表3),可根据您的样本类型选择最佳的保存方式和操作方法。 

点击文章底部阅读原文查看保存方式和操作方法等补充信息。

表3 RNA保存方式建议

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注意事项:

1. 动植物组织样本离体后立即液氮冻存,然后-80℃保存,尽快寄送,如需长期保存则需选择液氮冻存。未经液氮速冻可能会导致RNA缓慢降解。避免反复冻融,组织发生反复冻融后提取成功率在5%以下。

2. 保存液需完全浸透样本,保存液量不足会造成RNA降解。


03样本运输


1. 选择螺纹冻存管降低污染风险

带有螺口的冻存管密封性更好,不建议离心管送样;不得已使用离心管时,需用封口膜封死,避免撒漏。

2. 保证干冰用量且覆盖充分

干冰用量充分防止运输过程中发生样本冻融,保证样本四周被干冰完全覆盖。

RNA样本质量涉及样本制备的多个环节,比如切割组织时未经灭菌处理的刀片,这些小细节稍不注意就可能导致样本制备失败。但是根据我们的经验证明,以上这些方式都能有效地提升样本质量,提高样本质检合格率,避免反复送样。希望这篇文章对您的项目有所帮助,诺禾致源秉承专业、创新、诚信、共赢的理念,致力于提供高质量、高稳定、高效的服务,竭诚为您的科研助力。

更多问题欢迎给我们留言或联系当地技术支持和客户经理



NGS产品部    孙依然 | 文案







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