分子化学结构式的绘制
在阅读一些生物代谢物研究的文献过程中,我们经常会遇到一些分子的结构式,如下面两篇文章的真菌毒素(稻曲菌素)和木犀草素(Luteolin)的结构式。
(Food Control,2018)
(Cell death & disease,2017)
那么如何绘制这样的结构式呢?当然国外非常有名的ChemDraw软件可以做到,但软件非常贵,今天给大家介绍一款完全免费的软件——InDraw,完全可以用于教学、科研的作图,还可以进行药物设计。
软件简介
InDraw 是Integle 公司(一家中国公司)开发的结构式编辑器,有网页版和桌面客户端两种形式,公司宣称永久免费。可应用于化学、医药和生物等领域,并具有化学结构式搜索服务,是比较好用的国产软件。
网页版编辑器的网址:
http://www.integle.com/static/indraw
点网页版编辑器的LOGO,进入官网下载桌面端的软件,桌面端的软件功能多一点。为了方便大家下载,桌面端的软件已上传到OmicShare论坛,点下面链接可到论坛下载。
链接:
http://www.omicshare.com/forum/thread-3946-1-1.html
操作技巧
1
结构式手工绘制
手工绘制的方法很简单,可以自由绘制想要的的结果,方法如下图(这里用桌面端进行演示)。绘制的图形元件框选(工具栏第1个工具)后,可以进行旋转,缩放等,也可以直接复制粘贴到Word、PPT中做插图使用,非常方便。
2
图片中结构式识别
从网页中或文献中查到的结构式,如何能为我所用?若结构式比较复杂,用手工绘制的方法显然比较费时。而InDraw 具有识别图片中的结构式的功能,点击工具栏的 “剪刀”工具(最后1个),对结构式进行截图,点完成 即可生成图中的结构式,方法如下图。
当然,识别的准确率可能达不到100%,部分结构可能还需手工修改。
3
由名称转化为结构式
点击任务栏的文本工具,输入物质名称(IUPAC命名法),框选文本后,右键/名称转结构,就会直接出结果,方法如下图。
图片保存
InDraw绘制的结构式可支持多种图片格式和分子格式,也支持ChemDraw的cdx格式(如下图)。有一点不够好的是不支持导出矢量图。
绘制的结构式虽可复制粘贴到word 、PPT中直接使用,但仍以位图的形式显示。当然,如果想要获得高分率的结构图也是有办法的,你可以在InDraw中选中结构式,整体放大后再复制粘贴或导出。
今天的内容就到这里啦~
Tips
IUPAC命名法是由国际纯粹与应用化学联合会(International Union of Pure and Applied Chemistry,IUPAC)规定的系统命名有机化合物的方法。
参考文献
Fu X, Wang W, Li Y, et al. Development of amonoclonal antibody with equal reactivity to ustiloxins A and B forquantification of main cyclopeptide mycotoxins in rice samples[J]. FoodControl, 2018, 92: 201e207.
Song S, Su Z, Xu H, et al. Luteolinselectively kills STAT3 highly activated gastric cancer cells through enhancingthe binding of STAT3 to SHP-1[J]. Cell death & disease, 2017, 8(2): e2612.