查看原文
其他

【解螺旋】OMG!NCBI竟然能批量下载基因序列!

2015-02-04 翠花 解螺旋

点击上面蓝字↑↑↑关注【解螺旋】


——日读一帖,解螺旋大V团队伴你科研路

【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早!

【基金专栏】国自然等各项基金独到经验见解

【SCI 专栏】从开始到接收全程tips

【实验技能】这么棒快告诉你老板!

 关注我们,为您的科研路提速


  小师妹一脸苦闷:酵母双杂交的测序结果回来了,唉,这个周末又不能好好休息,要查200多个基因序列,周一老板就要,查这么多基因序列,一个一个的查,我会吐血的。


  小师弟眼神迷离:你比我幸运,我不只吐血,还伤身啊,我的基因芯片结果终于出来了,可是要分析1000多个基因,还要设计引物,我是一个星期都不用休息了,什么叫悲惨的世界,这就是。


  大师兄悠悠飘过:你们俩是猪吗?竟然不知道怎么批量获取基因序列?一脸鄙视,然后开始了他不屑的指导,其实只需要4大步就能轻松搞定:


第一步:整理排列好基因登入号,NCBI检索nucleotide

第二步:调整展示界面Display Settings

第三步:选择文件发送内容Send

第四步:合适的打开方式DNAstar软件(翠花最常用,各有所好)


  还不懂吧,来,师兄给你们演示下:


  第一步:每个基因都有它的Accession number(基因登入号,好比身份证一样),这个你们已经拿到手了吧,首先登入NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,在All Databases处下拉,选择nucleotide,将基因的Accession number都排列在一起,用空格隔开,不要有回车符(怎么快速排列就不多说了,excel就能实现),例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:



填好后Search,然后会出现这样一个界面:



  第二步:点击上面的Display Settings下拉标记,在Format选项中选择FASTA,在Sort by选项中默认选择Default order(界面展示顺序会和你输入的Accession number一致):



点击Apply,就会出现下一个界面:



  第三步:点击右上角的Send下拉标记,选中Complete RecordFile,然后在下面Format中选择FASTA,Sort by不变(默认),最后点击Create File保存数据:



  第四步:安装DNAstar软件(最常用的序列分析软件,和Office办公软件类似,有多款用途的工具),打开其中的Editseq工具,将保存的文件sequence .fasta拖进来,这时会弹出一个界面:



  点击Just Open,就可以直接打开所有下载的基因序列;



  如果希望一个一个打开,则点击OK先保存基因序列(自动以基因的Accession number命名),再选择性打开。




  这样就大功告成啦。


  你想要多少基因的序列都可以,只要一开始把基因登入号摆在一起就可以啦,就可以轻轻松松一次批量下载大量的基因序列,学会这个技巧是不是要好好庆祝一下,毕竟需要几天的工作,在几分钟就完成了。(其实平时只需要几个基因序列这么用也是超级方便的,毕竟打开NCBI的速度真的不敢恭维,一步到位才是王道)


  可是获得了这么多序列可以做什么呢,这个就看你的目的了,分析酶切位点、设计引物、比对序列、构建多表达克隆、设计敲减靶点等等都可以啊!


  如果大家对DNAstar软件有兴趣,可以找解螺旋微信助手(微信号:helixlife0)免费索取哦。


  另外,居于NCBI强大的后台数据功能,还可以批量分析酶切位点和序列批量下载基因的编号序列(CDS)等等,这里就不一一介绍了,如果也想学,请给予投票哦!



转载请跟我们联系~


我们精心搜集了 (1. 2015年最新版国自然基金指南全文(PDF版); 2.《Cell》推荐的细胞生物学经典综述合集;3.cover letter 模板集; 4. 技术路线鱼骨图模板集;5. 投稿须知细节标注示例);需要的话请转发此文到朋友圈后,解螺旋助手(微信号:helixlife0)索取下载链接!


2014年解螺旋最受欢迎的文章:

  • TCGA-高山仰止的癌症研究(索引号:1)

  • 临床基础科研的“七品”格调(索引号:5)

  • 科研方法论——技术流派 or 人脉流派?(索引号:10)

  • 医院科研圈,你住几环?(索引号:49)

  • PPT制作六宗罪,你犯了几宗?(索引号:58)

  • lncRNA系列(索引号:72. 73. 74)

  • 用经营青楼的思想来做你的科研(索引号:79)

  • miRNA数据库大全(索引号:89)

  • 5-10分SCI文章入门(索引号:100)

  • 评审专家谈国家自然科学基金上会评审情况(索引号:124)

  • IF:3-4分和5分的文章差别(索引号:127)

  • 医学科研圈的装逼指南--Bigger than bigger,岂止是装!(索引号:136)

  • 当高大上遇到真土豪,且看大牛们愉快的烧钱(索引号:141)

  • 从失败中浴火重生——酸菜关于阅读国自然评审意见的一点体会(索引号:143)

  • 医术再高,也怕菜刀——如何识别危险的医患关系(索引号:148)

  • siRNA,shRNA,RNAi傻傻分不清楚(索引号:153)

  • 论不孝子是怎么形成的?工作太忙!当医生的你一定懂!(索引号:162)

  • 不学lncRNA思路怎么跟小伙伴打招呼?(索引号:172)

  • 老谈信号通路系列(索引号:182. 189. 200)

  • 盘点这些年的基因敲减技术(索引号:183)

  • 中心法则虐我千万遍~(索引号:203)

  • 真相了,科研和男女关系没两样!(索引号:205)

  • 国自然专刊1-6(索引号:215. 216. 218. 220. 221. 222)

  • 标书中高大上的流程图是如何炼成的!(索引号:229)

如需查看以上文章,请点击页面右上方,点击“查看公众号”并点击“关注”吧!在解螺旋订阅号页面下方此处:

输入相关索引号就可以查看对应的文章啦!


请随手转发朋友圈,知识在于共享!


您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存