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在师姐们的血泪史中成长:给实验室新手的经验分享

2015-04-23 解螺旋

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-----作者:四月23日-----

(解螺旋出品,转载需经授权)


  最近,研一的师弟师妹们陆陆续续的进入了实验室,熟了后有时会跑来问:“师姐,老板说让看文献,去哪找啊,看什么文献呀?”“师姐,文献好难啊,看不懂…”,像前一阵有些同学最近要开题了,科研业务不熟练,不知道该怎么写。好啦好啦,懒得一个个讲,在这里和大家分享一点小经验。


1 关于怎么查找文献


  首先呢,是查找文献。在以前,谷歌还可以使用的时候,我习惯于用谷歌学术直接搜索。但是现在物是人非,可能有些小伙伴使用谷歌并不方便,那也可以使用NCBI。但是强大的NCBI可不是只能用来查查文献哒,还可以查基因、查序列、查样本等等。不过,也许是我的网络不好或者其他什么原因,有时NCBI跳转的很慢,甚至会出现打不开的现象。每个学校的图书馆都有购买很多数据库,方便大家下载文献,但是每个学校都没有办法将所有的数据库都买下(真的太贵了),哪怕是哈佛牛津这种顶级牛校也是办不到的呀。现在有很多途径帮助大家求助文献,比方说小木虫和丁香园的论坛呀,另外还有些好心人建立的QQ群,集合了很多高校资源,可以互助文献。



图1 谷歌学术的搜索界面


图2 NCBI的搜索界面


  一般情况下,刚进实验室,老板会给大家个题目或范围,让童鞋们先去找点文献看,或者给师兄师姐打下手。刚开始的时候确实会有些手足无措,想当年, 我和同学还会吐槽老板,就这样把我们打发了,然后看着老板给的题目发呆,实在是让人感到无从下手。


  对于同一个老板或者是同一个实验室,一般情况下大家的课题都是一脉相承的,可以先了解了解师兄师姐做的内容,一般情况下和自己的题目是相近的。刚来实验室一定要积极,多给师兄师姐打下手帮帮忙,早点学会操作技术,要知道,在实验中有很多心得体会只有在实践中才能悟出来,若是前辈口头相传也许会减少以后犯错误的机率。所以你看到我的帖子得是多么的幸福,嗯,不谢!


  多看看老板、师兄师姐已发表的文章和毕业论文,先补一下基础知识,用相关关键词检索相关文献,比方说我搜索lung adenocarcinoma,搜索关键词后可以看到有很多文献陈列出来,如果你想看这个研究方向的最新进展,可以在网页左边的“一般筛选区”对发表日期再次筛选;当然,这个结果显然是粗放了一些,比方说你想看看别人研究某个基因的情况,可以到右边的“高级筛选区”填写。

  

图3 搜索关键词


  再比方说我们搜“KRAS”并打开一篇文章,可以看到除了基本信息(题目、作者、摘要等),还可以现在有基因的相关信息,点击KRAS后,或查基因功能通路,或查相关的miRNA、SNP、蛋白,等等,大家就可以看自己想看的了。



图4 文献搜索结果(怎么样,有木有感觉画风很美,是的没错,我学过。。)


图5 基因搜索结果


  看文献其实不必追求看完全文,大部分文章看摘要,真正有用的再看全文。看完之后,最好将文献中重要的结论做笔记记录下来(或是在文档上直接标记,或是打印出来标注),这样方便写论文需要引用文献,也避免看过就忘的悲剧。除了记录结论,积累文章中的好句子也是非常有用的,选择那些作者母语是英语的文章,替换句子中的词就可以使用,让自己的论文显得native。


2 关于怎么做实验


  记得当年老师曾问我:“做实验最重要的事情是什么?”细节,请注意实验中每一个细节。曾做一个长达一年的连续实验,观察实验中发生的任何变化是我每天最重要的任务,当时就像记日记一样,哪怕是很琐碎的事情也都记在本子上,比方说天气的变化(影响控温)。而这些都成为日后处理数据、发现问题最重要的证据。其实也不一定要用本子记,也可以用印象笔记或有道云笔记,手机和电脑云端共享也是极好哒。除此之外呢,请务必记得将实验记录在电脑上、U盘、移动硬盘和网盘多做备份,这个真的很重要,非常重要!!我用我血和泪的教训告诉大家,千万别用“剪切”!!



图6 这只是我一个实验的记录本


  墨菲说得好啊,如果你担心某种情况发生,那么它就更有可能发生。这里有一个我老师的故事:他老人家当年可是一位富有情怀的文艺小青年,特别喜欢用钢笔练字呀、做笔记呀什么的。那天,他偷懒心想明天再把结果备份到电脑上,恩,没错,故事的结果就是第二天他发现实验记录本不知为何泡水了,那记录本打开后跟泼墨画似的,有着一种特别的朦胧美。。。


  这个故事告诉我们以后最好不要用钢笔?额,就是说我们做实验一定不能存侥幸心理,一定要记住,不然真的很容易倒霉!!这里还有个悲催的故事:有一次我的样品放在冰箱里保存,当时整个实验室只有我一个人在做实验,于是我就没有在标签上写我的名字。有一天,师弟整理冰箱就问这份没有名字的样品是谁的,因为我没在所以没有人回应,结果他就倒了。。。最后知道真相的我眼泪掉下来,这直接导致我整个实验最后一个步骤的数据缺失!!啊,多么痛的领悟!!


  实验中对随机和程序化的把控也是非常重要。你所做的每一个处理(取样、培养条件、检测)都要充分的考虑是否随机,否则主观想法很容易使实验结果产生偏差。实验操作的程序化是把操作步骤尽量程序化固定化,减少操作中思考的次数,这样可以减少错误发生的次数。


3 关于怎么写开题报告


  开题报告主要是为了以后的工作制定计划,是由选题者把自己所选的课题的概况(即"开题报告内容"),向有关专家、学者、科技人员进行陈述。然后由他们对科研课题进行评议。其内容包括综述、关键技术、可行性分析和时间安排等四个方面,比方说题目、立论依据(毕业论文选题的目的与意义、国内外研究现状)、研究方案(研究目标、研究内容、研究方法、研究过程、拟解决的关键问题及创新点)、条件分析(仪器设备、协作单位及分工、人员配置)等。其实说白了,开题报告就是讲下一步我们要解决什么,为什么要解决以及如何解决的问题。


  综述可以帮助我们梳理思路,看前人如何研究,已经拥有了哪些研究成果,这里需要大量文献的支持,并在其中去提炼总结自己研究的亮点。课题中的创新性和可行性会是开题报告尤其是真正汇报时老师关注的重点。


  写开题报告的时候需要插入文献,尤其是到毕业论文的时候,可能需要插入上百篇文献,文献的排序、格式、插入等都是问题。我一般是用Endnote,每篇文献都是提前先编辑好(注意:这个很重要,一劳永逸呀),插入的时候调下格式就好。Endnote是一个管理文献的好工具,可以将文章命名分类管理,看过的文献归入子文件夹,最起码要把有用的和没用的分开。下载电子版文献时(caj,pdf,html),把文章题目粘贴为文件名。注意,文件名不能有特殊符号,要把\ / : * ? < > |以及换行符删掉。每次按照同样的习惯设置文件名,可以防止重复下载。还有个软件是NoteExpress,关于这些软件的使用小木虫里有很多大神分享经验,我就不多说啦。


  除了阅读大量文献,我们还可以通过借鉴别人的样本(从GEO下载)来运行一下实验方案,看看可以什么样的结果(组间的差异、趋势等等),毕竟无论测序还是芯片都得几万块,尤其是对于马上要开始实验的童鞋们,时间和金钱同样宝贵。




  最后插一句,写文章呢最好是使用Microsoft office word,排版打印的时候兼容性、稳定性更好,建议打印前将word文档转为PDF再打印,避免打印时出现发生格式变动等坑爹的情况。


  行了,刚才我提到各个软件公司(包括微软office、美图秀秀以及腾讯QQ截图)待会来后台结算一下啊。


(感谢四月的分享,今天是她的生日,生日快乐哦!)







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