Western blot结果光电泳图就够了？知道还得定量不？
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作者: 螺丝钉·中子
解螺旋出品，转载需经授权
导读：最近师妹的文章被要求返修，其中一条是杂志社提出要对western blot条带结果进行灰度分析，换而言之就是把直观的结果进行量化。这是一个大家在处理数据过程中经常遇到的“小问题”，今天中子就通过一个图像处理软件的使用介绍来帮大家把这个问题解决掉！（软件安装包可以向小编索取，小编微信号：helixlife9）
WB做完后，这时候我们需要对结果进行定量。目前最备受推崇的应该非Biorad公司的Quantiy One软件莫属，然而其高昂的售价令很多人望而却步；
目前多数免费软件主要采用的是等高线定量法（Volumn Contour），等高线定量法通过半自动描绘电泳条带的等高线边缘来得到等高线区域内部面积，再将该面积乘以区域内平均光密度值得到条带内部总的信号量。这种分析方法有明显的弊病：
人为圈定背景值且假定不同泳道的背景亮度一致；
等高线的绘制处于“半自动”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边缘；
最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时候几乎无法绘制单一条带的轮廓。
一些凝胶成像软件带有此分析工具，比如Bio-Rad，Kodak，Li-cor等公司的成像系统。除了这些软件，还有一个比较简单的图像处理软件ImageJ可以很方便的进行灰度分析。
那么如何应用Image J这款小软件呢？让我们一起来学习下吧！
一、 运用Imag J对WB条带进行灰度分析
1、File——》open 打开WB结果图片
2、把图片转化成灰度图片image——》type——》8-bit
3、消除背景影响
process——》subtract background 选择50基本可以
4、设置定量参数
analyze——》set measurements，点击面积，平均密度和灰度值及Integrated Density
5、设置单位
analyze——》set scale ，在“unit of length”的方框里输入“pixels”
6、把图片转换成亮带，Edit——》invert
7、选择Freehand Selection，尽量把条带圈起来，点击键盘m，出来IntDen灰度值
8、复制数据IntDen进行分析
二、运用Imag J对WB条带进行密度分析
1、步骤同前，File——》open 打开WB结果图；
2、如条带不正，需修正
image——》transform——》rotate调节angle值，直到条带水平为止
3、选中矩形选项，圈中第一个条带，然后 analyze——》gels——》select firstlane（快捷键ctrl+1），然后移动第一个条带上的矩形到第二个条带上，analyze——》gels——》select second lane（快捷键 ctrl+2），最后analyze——》gels——》plotlanes
4、选中直线工具，将开口的波峰关闭
5、选中魔棒工具，点击波峰可以显示波峰下面积，即条带的密度值
6、以第一个数值为基数，其他数值与第一个数值的比值为相对密度即可。
觉得有用就赶紧试试吧！
文献分享通知
本周日19:00由解螺旋小二在“干细胞俱乐部微信群”里分享一篇文献，名称是《MSC-Regulated MicroRNAs Converge on the Transcription Factor FOXP2 and Promote Breast Cancer Metastasis》。在微信群里以“文字的形式进行讨论交流” ，愿意参加讨论会的朋友，请加解螺旋小编（微信号：helixlife9）为好友提出你的要求，小编会邀请你入群~
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解螺旋.科研公益讲座系列.RNA-seq(上海)
RNA-seq是一种定量分析转录组的高通量测序技术，相比于传统的芯片技术，精度更高，应用更广泛。可用于观察疾病发生过程中病灶部位内部的基因表达水平变化、预测肿瘤中潜在的融合基因、研究已知lncRNA的表达、预测新的lncRNA、进行新物种的转录组数据构建和功能研究等方面。
在经历不到10年的发展历程后，RNA-seq技术已成为一种常规的高通量实验技术，并且已经成为转录组分析的主要工具。如此高大上的技术，其实你也可以拥有。5月14日就让我们在解螺旋两位大V专家的指引下，一起加入转录组研究的神秘旅程！
讲座内容包括：
转录组研究历史和现状
高通量测序原理
转录组研究基本思路
转录组数据的比对
表达量估计和分析
差异表达与功能分析
主讲人：
解螺旋大V专家：黄老师、张老师，多年从事高通量测序数据分析与相关流程构建工作，在转录组、lncRNA和单细胞测序等方面积累了丰富的经验，工作成果已发表在 Cell、Cell StemCell、 BMC Genomics等杂志。
地点：上海师范大学桂林路64号1号楼107室
时间：2015年5月14日（周四）晚6点-8点
上海地区有兴趣参加的朋友请扫码入群报名
Meta分析培训班武汉站（2015/5/16-2015/5/17）
课程介绍：本次培训内容围绕系统评价的制作流程进行设计，包括循证医学、系统评价/Meta分析概述；临床研究问题的构建；Meta分析中的统计学问题；循证医学文献检索策略与方法；常见的临床研究报告的质量评价；全面掌握干预性、诊断性、病因、预后等系统评价/Meta 分析的制作方法；掌握Revman5.3 软件Stata13.0软件等软件在Meta 分析中的应用，最终具备独立制作系统评价解决问题的能力。
适合人群：本次培训课程为初中级META分析强化班课程，含两天一晚，适合希望学习META分析在生物医学上应用的广大临床科研工作者和医生，对于有一些基础和对META有兴趣但基础较差的学生也可以加速学习过程，给予整体学习的方向指引。
有兴趣的朋友请点击本文左下角“阅读原文”或咨询：
固话：021-64173538-800（工作日：8:30-17:00）
移 动 电 话：18082338338（申老师）
13661429647（张老师）
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