干货 | PCR引物设计，3款在线软件就能搞定！
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作者：解螺旋·子非鱼
如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手
·导语·
好的引物会让PCR实验成功一半，因而，引物设计一直都是PCR非常重要的环节。PrimerPremier5和Oligo7这两款软件想必是备受科研汪们推崇的引物设计软件。可是对于懒癌晚期的小鱼而言，下载这两款软件也是一件非常麻烦的事情。有木有比这两款软件更简单粗暴的引物获取方法呢？在这里小鱼特地给大家推荐3款简单实用的在线PCR引物设计软件，让你分分钟搞定PCR引物。
推荐指数：五颗星
理由：这个工具整合了目前流行的Primer3软件，且加上NCBI的Blast进行引物特异性的验证；可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。
网址链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从Blast主页（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）上找到。
Primer-Blast的界面包括4个部分：PCRTemplate（模板区），Primer Parameters（引物区），Exon/intron Selection（外显子内含子设置）和specificity check（特异性验证区）。
1、设计引物
2、验证引物好坏
3、外显子内含子（Exon/intron）
如果设计的引物是跨内含子和外显子的交界处，可在此处设置成为Primer must span an exon-exon junction。外显子的匹配碱基数和内含子的长度等设置一般选择默认。
4、特异性（Specificitycheck）
在specificity check区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。
这里提供了7种数据库：
RefSeq mRNA，Genome (referenceassemblies from selected organisms)，RefSeqrepresentative genomes，RefSeq RNA(refseq_rna)，nr (the standard non-redundant database)，Genome (chromosomesfrom all organisms)和custom。
前两个数据库是经过专家注释的数据，这样可以给出更准确的结果。特别是，当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为标准来设计引物时，Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。
最后建议用oligo6或primer5验证引物自身的特性：发夹结构、引物自身二聚体、错配和引物间二聚体，△G的绝对值。
推荐指数：五颗星
理由：严格的qPCR引物设计一般要求其中一条引物要跨外显子，最好在3‘端设计引物，产物的长度在300bp以内等。本在线软件可满足qPCR引物设计的要求。
网址链接：http://www.primer3plus.com/
1、选择Run latest Versionof Primer3Plus，就进入了设计引物的主页面，合理的使用<>，［］，｛｝符号使引物设计符合自己的要求，大家可以在具体实战中，深入体会这几个符号带来的方便。
2、避免多个重复碱基出现，避免4个或超过4个G出现在引物序列中。按照荧光定量引物要求设置参数，如产物长度：不应该超过400bp，最好100-150bp；GC％：30％-70%，最好45%－55%；引物长度：18-25bp，最好22-24bp；TM值：58-60℃，最好60℃；3’端：3’端至少4个碱基保守，最好为T，C，G。
3、点击右上放绿色按钮
4、设计好引物后，我们要进行NCBI blast 引物验证，进入http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
5、点击Basic BLAST中的nucleotideblast选项，在下面框中，按照5’－3’顺序，分别输入上游引物和下游引物，上下游引物之间间隔20个以上n。
6、选择物种数据库，如Human，Mouse或者Others（如果是非人和非小鼠物种）。
7、选择Somewhat similar sequences(blastn)
8、点击Algorithm parameters, 在Expect threshold 输入1000，在Word Size 输入7。Word size不是字体大小的意思，应该理解为读长，按照7个一组核苷酸序列放到GeneBank中进行比对。
9、点击BLAST，开始比对，出现结果。颜色代表得分，选择引物的原则是：列表中大部分是目的基因，说明引物特异性高；但是可能物种不同，说明该基因在不同物种中保守。
推荐指数：五颗星
理由：哈佛大学的一个qPCR引物数据库，目前有超过20万条引物，涵盖了人和小鼠大部分已知的基因。根据网站上对两万多对引物的验证结果，引物有效率为82.7%。尽量选择这种验证过的qPCR引物，qPCR品质比较有保障。
网址：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
搜索类型这里，可以根据GenBank accession、NCBI protein accession、NCBI gene ID、primerbank ID、NCBI gene symbol以及keyword六个选项进行搜索。以小鼠的beta-actin为例。
1、首先，到NCBI上找出β-actin的gene ID，如图，选择gene,输入beta-actin：
点击右边的分类musmusculus：
结果就出来了，小鼠beta-actin的NCBI gene ID是11461，而actb则是小鼠beta-actin的NCBI gene symbol。
2、把11461输入到primerbank里面试试：
在这个结果上我们可以看到beta-actin的NCBI gene ID、GenBank accession、NCBI protein accession、coding DNA length等信息。
3、若是改输入beta-actin的NCBI gene symbol：actb，也可以得到相同的结果，往下拉我们还能看到经过验证的引物：
4、点进去可以看到溶解曲线、电泳结果等信息：
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