SCI | 如何实现1-2分到3-4分，再到5-7分的突破？

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作者：解螺旋·酸菜

如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手

导语

奋战在临床一线的小伙伴们对1~2分的临床案例分析可是信手拈来吧，在3分、4分的文章并没有想象中那么难，但到5分是文章上升过程中需要跨越的一个坎。但如何才能突破3分大关，实现向5分以上文章的跳跃呢？今天这篇文章或许能让你有所收获。

1-2分文献咱们可以把它叫做凉菜，类似蒜泥黄瓜、皮蛋豆腐之类，3-4分文献就类似清炒土豆丝、番茄炒蛋这样的家常菜，5-6分文章虽达不到招牌菜的档次，但也可称得上口碑拿手菜！最近，酸菜对肿瘤领域的一些文章思路进行了分析，总结了一些文章的模式。

3~4分的文章思路

如上图框架所示，文中在组织和细胞水平检测了分子A与分子B的表达并得知存在相关性；随后通过分子手段干扰分子A来检测其对分子B的影响并分析细胞增殖，迁移及形态学方面的差异。可以看到，3-4分文章所采用的实验手段都比较常见，相信爱科研的小伙伴拿下这些文章妥妥的！

4~5分的文章思路

如图所示，和3~4分一样思路简单且相似，也是在组织和细胞水平检测了分子A的表达水平，然后采用分子工具使基因A过表达或被抑制，检测细胞相关表型如增殖、迁移、黏附等。然后将分子A的表达水平与癌症诊断的临床相关参数进行关联分析。只是为了说明基因A的重要性或者丰富数据量，除了检测需要研究的癌症，也可在其它癌症细胞与组织中进行相关检测，以增加数据量。

5分文章会给我们相对3-4分文章一种飞跃的感觉，有木有？

其组织细胞人群方面的研究只是文章结构的一个起点，精彩及核心的不仅在于机制的充分论证，并且以机制能够解释现象收尾。无论是文章内容充实性还是其数据堆砌的逻辑性，都比3分4分文章更胜一筹。

通过上述的解说及图示，以系统的方式向大家呈现这些文章的结构之后，小伙伴们是否思路更为清晰、开阔了呢？3分、4分的文章是每个努力且细心的小伙伴都能够胜任的，没有太多的技术难度，要是已经有这样的文章铺垫，那就向5分以上的文章迈进吧。祝大家顺利，加一分一世界。

五分文章怎么发？

首先给大家带来一篇IF=5.888的molecular cancer文献。（文献：“Bosutinib inhibits migration and invasion via ack1 in kras mutant non-small cell lung cancer”）

这篇paper又是跟用药结合起来了,基于药物对肿瘤抑制作用的基础研究可为日后临床应用研究提供很好的参考意见，自然一直是研究热点，文章发起来也会相对容易一点。而且，用药浓度的选择过程（如0-20nM之间设置梯度摸索），可以一下子为每个实验增加很多数据量。如果有小伙伴一直在研究某些基因碰到瓶颈，不妨换个思路，往小分子药物（例如一些激酶抑制剂）方面试试，也许会有新的发现。

言归正传，说明一下这篇文章的基础和意义，也就是我们搞科研，写文章的时候都要有的前提：我做这个东西对以后的科研发展有什么益处？

主角登场：

亮出结果：

Results解析：

这篇文章比较一气呵成。从发现Bosutinib药物能够作用到KRAS突变的NSCLC，联系到它本身能够抑制的激酶ALK1、SRC。在NSCLC中确定Bosutinib通过该ALK1激酶而非SRC起到抑制细胞迁移和侵袭的作用，并确认临床样本中ALK1的高表达，强调临床应用性！顺便靠靠肿瘤微环境！OK，完成！条理清晰，数据足够，还有亮点点缀！

6分文献解析

就以oncotarget（2015年6分）的一篇文章为例，（分析文献: Crizotinib Exhibits Antitumor Activityby Targeting ALK Signaling not c-MET in Pancreatic Cancer）解析文章结构，寻找文章亮点。小伙伴们且看看自己是不是真的离目标很远，或者其实自己手头资源根本就够，这样的文章跳一跳就能够得到！

Introduction

引入paper主角，并对它们进行介绍。中心思想就是介绍每个对象的研究现状，强调一下我的研究内容目前市面上有所缺失，我正好填补了一下这个空白之类的。

对各个主角进行介绍：

Results

一共八个results

Results解析：

这么一来，大家的思路是不是清晰很多？BUT仅仅是框架这么简单就能搞定6分的文章么？！！

这之中填充的数据要求自然也不低：

例如实验细胞系：三株起跳，Crizotinib同时验证剂量依赖性（最多设置7个浓度作为剂量梯度），western blot更是能检测多少是多少（ALK pathway下游AKT等及其磷酸化），对凋亡有影响也要检测凋亡相关的蛋白表达如：caspase-3，bax等；还有免疫荧光、免疫组化检测等等

最后Discussion的部分要把文章的思路创新点再好好理顺，当然最重要的是强调创新点和这个发现的应用，比如这篇文章就总结说:“Our discovery of this novel anticancer mechanism of Crizotinib may be useful for a novel drug targeting ALK in pancreatic cancer.”

经过今天的分析，小伙伴们可以衡量一下自己的数据和文章构造与6分的差距有多远，很多情况都是手头资源丰富（即文章用到的方法都可以实现或者想办法实现），但是数据量或者文章思路过于单薄。那就加把劲吧，争取跳一跳，够得到这样的文章档次！

7分的Cell Reports深度剖析

不安分的肿瘤细胞从发病部位攻占其他组织器官（invasion），大部队并肩作战（cell-cell adhesions），未免太声势浩大，很容易被人体的各种防御体系歼灭。所以，肿瘤细胞选择“游击战”，大家分散（dissemination）开来，各自为战，不论谁先冲出重围，都预示着战斗的胜利！

游击战如何指挥，这是一个问题。Cell旗下当红辣子鸡Cell Report杂志近期刊登的一篇文章（Cell reports, 2015, 10(1), p88–102），就叙述了军方高层争夺军权的一场斗争。

角色1——上峰领导

HGF（肝细胞生长因子）是肿瘤这个团伙的上级领导，明确授意，要在若干时间内，攻下其他器官，并提供后勤保障（列举如下）：

• HGF/c-Met影响细胞间粘附，促进迁移

• 促进细胞外基质降解

• 诱导血管发生

• 促进细胞增殖

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角色2——保守派

TIAM1（T淋巴瘤侵袭转移诱导因子1）打过很多场大仗（功勋如下），坚持认为人多力量大，大家抱团前进才能胜利。于是，他把每个细胞绑在了一起。一荣俱荣，一损俱损。

• 在结直肠癌、胰腺癌以及肺癌等肿瘤中呈现高表达

• 促进肿瘤细胞的肿瘤形成和转移

角色3——激进派

HUWE1（E3泛素化连接酶）是个激进派，也是阴谋家，它利用“泛素化”这个庞大的家族势力，将TIAM1一举消灭，将癌细胞身上的绳子解除，细胞得以开展游击战，并冲出重围。

• HUWE1在包括肺癌在内的多种上皮样肿瘤组织中过表达

• 通过泛素化降解调控蛋白的功能，底物包括：肿瘤抑制因子p53、抗凋亡蛋白Mcl-1、负责DNA复制的Cdc6、与神经干细胞分化相关的N-Myc、以及c-Myc、Miz-1、TopBP1、Dv1等

下面我们就来八一八HUWE1如何消灭了TIAM1

1.首先呈现TIAM1惨败的现象：HGF刺激下，肺癌细胞中TIAM1在细胞间分布减少，细胞连接紧密降低（TIAM1）。TIAM1为何会这样不堪一击？原来他有个致命弱点被对手抓住了，就像雪人害怕见到太阳，只要TIAM1跟“泛素”发生了一次亲密接触（直接结合）后，就会慢慢被降解。 后来得知，“泛素”K63位点在消灭TIAM1过程中起了决定性作用。

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2.其实，泛素也只是一个杀手而已，他可以对付很多蛋白质。真正幕后的黑手是HUWE1，HUWE1 跟TIAM1见面握手（直接结合） 之后，泛素知道了要本次行动的目标为TIAM1。泛素把TIAM1拉到26S蛋白酶体系统，使TIAM1降解。

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3.HUWE1消灭了TIAM1之后，做了哪些事情呢？首先HUWE1将原来束缚在癌细胞中间的绳子解开（HUWE1促进癌细胞分散），之后带领癌细胞开始出发，向其他器官进军（HUWE1促进癌细胞侵袭）。

4.实际上，HUWE1通过侦查（质谱鉴定），发现了可以跟TIAM1的595位赖氨酸直接结合，这是一个最佳的下手机会。为了确认这个位点的可靠性，HUWE1做了一些观察。发现K595如果发生突变了，HUWE1想要带领癌细胞运动的能力就会被抑制。要确保K595完好无损才行。

5.HUWE1消灭了TIAM1之后，就可以肆无忌惮，带领癌细胞进军了。在组织水平确实看到了HUWE1高表达的现象，在体内水平也确认了HUWE1促进肺癌细胞侵袭的作用。

6.但别忘了，这一切都是在HGF的高层授意下进行的。所以TIAM1只能怪自己没有搞定上级领导了。

二个明星分子的军方内斗剧看完了，总结下来，其实这是肿瘤分子生物学的常规研究套路：细胞表型，分子机制，体内验证，临床标本四个模块结合的完整典范。之所以能发7分，关键在于细节。

• 表型细节：不是笼统的研究徙侵袭，而是将其细化至细胞侵袭环节中的某个点——上皮细胞如何挣脱束缚。

• 机制细节——研究蛋白泛素化，确定泛素化位点；研究蛋白直接结合，寻找结合位点，鉴定位点特异性，更细的揭示蛋白如何结合。

此外，若想机制做的深入，还需要具备一些分子机制研究平台：免疫共沉淀（Co-IP）、质谱鉴定，信号通路抑制剂，Tet-on 诱导表达系统，以及一些比较直观的高大上的检测手段：原位定量检测蛋白-蛋白相互作用（Duolink PLA技术），Halo蛋白标签的脉冲示踪技术（Halo Pulse-Chase Analysis）。

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