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跟着13分文章学作图,等着收获SCI吧(origin8教程)

2016-07-25 医生科研助手 解螺旋


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作者:解螺旋·翠花

如需转载请注明来源:解螺旋·医生科研助手


导语

是不是常常看着人家高分文章里的高大上的制图望图兴叹了呢,为什么我做出来的图总是“三只小板凳”呢?所谓临渊羡鱼,不如退而结网, 咱今天就来好好分析下别人家的图是怎么做出来。

高分美图是如何炼成的?


美美的组合图怎么做?

文章超过10分,柱形图和折线图的组合图难以避免,如何制作?以一篇文献13分文章为例(J Clin Invest. 2015;125(7): 2707-2720)数据量自然不少,小图排布是极有讲究的:


细节1:利用空间,分清主次


这里8个折线图对应8个柱形图。柱形图代表基因的敲减效率,是辅助数据;折线图代表基因敲减后的细胞功能表型。所以,辅助的柱形图是放在主要的折线图的内部。


细节2:方方正正,横平竖直


这里面每个图的横坐标和纵坐标,都在一条线上。图中的字母A、B、C也是在一条竖线上。


细节3:重复标注,精简明了


8个折线图中□和●表示的含义相同,所以在空白的地方显示一次即可。




先准备柱形图的素材,确定数据排列方式,如下图所以,点击Plot选择上次存储的模板,出现最原始的图。




点击纵坐标(上图中那一堆小数点数字的地方),跳出来如下界面,选择Bottom(底部横轴),将Show Major Label的方框,勾选上,横坐标就有了。把模板中的纵坐标标题和上面的柱子标志,删除,柱形图完成,还有点意思吧。



对比发现,文献中横坐标是倾斜的。因为图比较小,表示组别的si-Luc和si-DAPK1如果不倾斜,就会像上图一样发生重叠,很不美观。


咱们继续变出来。点击横轴(si-Luc所在的位置)跳出上图中一模一样的框。选择Custom Tick Labels界面,在Rotation的框中选择30,表示旋转30度。



作出的图,如下方左图。调整坐标轴的线的粗细和Bar的宽度和粗细,调节柱子颜色,得到下方右图这个跟文献很接近的柱形图。保存为模板,可以用来做剩余的7个柱形图。




接下来,我们要做线形图了。 填写数据后选择Line+symble,得到比较原始的线形图。


对比文献中的图,逐步美观,主要经历修改横纵坐标、修改图标等步骤。并把做好的线形图,存储为模板,用来制作剩余的7张线形图。




接下来,柱形图和线形图,如何组合到一起?图的组合方法很多,比如在PS中处理。今天告诉大家一个在Oringin软件中就能解决的方法。



以上我们成功做成了线形图和柱形图的组合图,大家如果研究基因敲减或者过表达,想把qPCR验证基因敲减或过表达的效率,以及MTT验证细胞增殖的结果摆在一起,不妨试试今天的方法。




截断图怎么做?

在实验中经常出现这样的结果,有的组别数值很大,有的很小,就像大象和蚂蚁站在一起。截断图可以实现让大象和蚂蚁拍合影,也能很和谐。


以下面文献的数据为例,先准备作图需要的素材。




打开Origin8软件,出现如下界面



复制数据,在左上角的文本框内粘贴,出现三列,第三列是标准差,点击这一列,右键选择set as,菜单中选择Y Error。



设置好了,就可以做柱形图了。选中数据,点击左下角红色的柱子图标,选择菜单中的最上面的column。




呈现如下所示的大红柱子图,发现第四组数值格外的高,需要对其进行截断。



按照文献中的图,纵坐标最大值设置成1000,单位间隔是100。双击纵坐标的数值,跳出来对话框如下。



默认是在Scale的菜单,将From -50改成0,将To 800改成1000,Increment 100不变,将Minor改成0。点击应用,纵坐标发生变化。



接着选择Break这个菜单,将show break勾选上,From默认250改成300,To默认750改成500,截断的位置纵坐标轴50%的地方改成80%。



点击应用,发现纵坐标已经成功的截断了。




结合前面介绍的方法,对照文献,给柱形图做整容,最终调整成如下的样式。



Origin做出来的图是不是比Excel之类的好看多了?看了这篇文章对Origin功能你就能掌握个七八分了。不过,在CNS等顶级杂志发表的诸多文章中,一些复杂的统计分析或者 “高大上”的制表绘图,Methods等,那还得制图老大哥R语言出场,R语言作图可谓是无所不能。不过,R语言可Origin没这么好学的,一两篇文章很说不清楚,还是需要系统的学习的,解螺旋就有培训班,感兴趣的可以报名。



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