科研新人必读（一）：如何快速通过文献关
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作者：解螺旋·科研大腕团队
如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手
今天9月1日，是学生的“劫日”，又有一批研究僧怀揣着拯救人类的“包袱”跳进科研这个坑了。今天要解决的是科研新人第一关：“怎么找到你需要的文献”？
这两天全国高校都陆续开学了，全国人民都知道这是学生的“劫日”，又有一批研究僧怀揣着拯救人类的“包袱”跳进科研这个坑了。哦，不对不对，该积极起来。作为科研新人，导师和师兄师姐嘱咐你的第一句话就是：一定学会看文献，养成看文献的习惯。
恩，没错，啃文献是科研工作的第一道关，解螺旋一向是照顾新人，怎么忍心看着一脸懵逼无从下手的你们而不管呢？来，跟着解螺旋一起来闯科研第一关吧！如果您是导师，师姐或师兄，将此文转发给你身边的新人吧，帮你省很多口水。
看文献，第一步是要找到文献，这时候就要用文献检索工具了。
检索头牌：Pubmed
Pubmed作为美国国家医学图书馆所属的国家生物技术信息中心开发的一款论文搜索引擎，凭借其海量的文献数据和简便快捷的搜索方式，成为了网上使用最广泛的生物医学方面的文献搜索工具。我们可以通过最简单的在标题和摘要中搜寻相关的关键词或相关公式，来寻找相关的文章。
pubmed相关使用方法，可以查看解螺旋往期文章。
用之不易的Google学术
这个其实并不能算是文献检索工具，但其有个很大的特点就是能够对全文进行搜索，而不是像上面说的那两个只是搜索标题和摘要。因此当要搜索事实型依据的时候，比如，要搜索“某病的发病率为36%”这样的出处，在摘要中可能没有具体的数据，所以需要google来进行全文搜索。
Google学术的功能还是挺强大的，不过在天朝却被封了，要是想用还得翻墙。不过不知道是应广大学者的呼唤，还是G20的特殊招待，据说，最近Google又可以用了，这机会可是来自不易，小伙伴们还是抓紧时机享受这一福利吧。
关联检索：Web of Science
这个方法比较适合研究机构，因为Web of Science的数据库是要收费的，但其搜索引擎比Pubmed更高级，不但能够限定文章的学科，还能限定作者的国籍单位等等，非常好用。值得一提的是它里面的逻辑连接词比Pubmed多了一个很实用词——Near，这个能在相邻的两个句子中寻找关键词。比方说要搜索高血压和糖尿病的关系，如果使用一般”AND“来连接，可能会出现头一句是说的糖尿病，然后结尾出来个高血压，其实并无联系。但用”Near”的话，由于两个词之间的距离被限定了，因此相关的概率也会高的多。
中文检索：万方，知网，维普等
基本是中文文献，在google上找不到的话可以来这里试试。
看文献少不了要下载全文，很多精彩论文却被挡在了收费门外，甚是不爽。“窃书不算偷”，如果有些工具可以帮助你免费浏览和下载文献，节约的不仅仅是钱，更重要得是提高了效率。
免费下载首先要知道就是sci-hub了，深谙这个道理的俄罗斯的女神经学家Elbakyan，她在2011年创办了一个网站——Sci-Hub，梦想是要通过这个网站，将世界上所有需要收费阅读的知识，免费提供给需要它们的人。而且她也真做到了，目前Sci-Hub收录了4700万篇学术文章，但是这个网站是"非法“，常常被“封禁”，不过它的生命力依然顽强，为了反“封禁”，网站采取了游击战的方式——换IP地址。现在还有人为了方便中国学者，整合“Sci-Hub中国版”。具体怎么使用，解螺旋已经发布了多篇文章进行了说明。（点击下面标题可查看）
有时sci-hub实在无法开工了，怎么办？
别慌！还有这15个免费文献下载神器
1、PMC(PubMed Centeral)
网址：
美国NCBI（美国国家生物技术信息中心）建立的数字化生命科学期刊文献集，现提供50余种生物医学期刊免费全文。Pubmed官方系统中，将免费的全文集中在此，查pubmed同时，就能查看PMC中的免费全文。常规来说，PMC中内容已相当全面了。
2、PLoS(Public Library of Science)
网址：
PLOS是一家由众多诺贝尔奖得主和慈善机构支持的非赢利性学术组织，旨在推广世界各地的科学和医学领域的最新研究成果，使其成为一种公众资源，科学家、医生、病人和学生可以通过这样一个不受限制的平台来了解最新的科研动态。PLoS出版了8种生命科学与医学领域的期刊，可以免费获取全文，比较具有影响力，Plos系列的期刊目前都已被SCI收录。虽然期刊数量不多，但是文章总体数量相当庞大。
3、SRP（Scientific Research Publishing）
网址：
Scientific Research Publishing(科研出版社，简称SRP)是一家国际综合性开源学术期刊出版机构。目前已有国际开源英文期刊近三百本，所有期刊都是开源的(OpenAccess，或称开放存取, 简称OA)，可免费下载所有期刊全文，所有期刊均回溯至创刊。多数期刊已被CAS，EBSCO，CAB Abstracts，ProQuest，IndexCopernicus，Library of Congress，Gale，CSP等数据库全文或摘要收录。
4、OALib(OpenAccess Library)
网址：
Open AccessLibrary(OA图书馆)通过提供高质量的文档和快速响应的服务器，致力于为学术交流和进步做贡献。为大家提供200多万篇学术文章，这个数字估计在不久的将来还会增加。这里很多内容与PMC交叉。不过会收录部分没有进入pubmed的免费全文。
5、DOAJ (Directory of Open Access Journals)
网址：
DOAJ(Directory of Open Access Journal)，免费的全文科技学术期刊。由瑞典的隆德大学图书馆Lund UniversityLibraries设立于2003年5月，从最初的350种期刊开始，现有2752种期刊，其中830种可以全文搜索。目前有140307篇文章。是个很好的专门OA期刊文献检索系统，但不包括预印本资源。该系统收录期刊的文章都是经过同行评议或严格评审的，质量高，与期刊发行同步，是做研究的好帮手。
6、Annual Reviews
网址：
美国Annual Reviews出版社是一家专注于出版权威综述期刊的非盈利出版机构，它出版的AnnualReviews系列是引证率最高的出版物，所有期刊在其相应领域均排名前十。
7、kl ArXiv
网址：
ArXiv是属于CornellUniversity的非盈利教育机构，面向物理学、数学、非线性科学、计算机科学和定量生物学等学科提供16种免费电子期刊的访问。不需翻墙，而且速度较快。
8、CERN Document Server
网址：
主要覆盖物理学（particlephysics）及相关学科，提供360,000多篇全文文献，包括预印文献、期刊论文、图书、图片、学位论文等等。不需翻墙，速度较快
9、Nature
网址：
2014年12月，《自然》(Nature)宣布了开放所有研究论文，包括旗下48个杂志，可惜不能免费复制、打印或下载。但仅仅是在线看，但也是非常大的福利!
10、Science.gov
网址：
美国“科学”网站收录内容以研究与开发报告为主，所有的信息均免费使用，也不必注册，但是通过这些站点链接的有些信息是限制使用或有条件使用的。
11、Socolar
网址：
Socolar开放存取一站式检索服务平台是一个旨在为用户提供OA资源检索和全文链接服务的公共服务平台，由中国教育进出口公司管理。该平台是中文网页，收录了6000多种来自互联网的OpenAccess期刊、仓储等学术资源信息，提供一站式检索和链接服务。读者需要注意的是，链接到最后是否获取全文，取决于平台链接的有效性，用户网络是否允许境外访问两个因素。
12、cnpLINKer
网址：
cnpLINKer中国链接服务是由中国图书馆进出口总公司开发并提供的国外网络检索系统。目前共收录了国外50多家出版社的12000余种商业期刊，14000多种Open Access，900万篇文摘数据和全文链接服务，400多家OPAC信息，并保持时时更新。
除此之外，还有几个大学电子图书馆是可以利用的：
13、香港科技大学图书馆
网址：
包括香港科技大学的学术论文、学位论文、研究报告等内容，均可免费获取全文。访问速度：不需翻墙，速度较快
14、加利福尼亚大学国际和区域数字馆藏
网址：http://repositories.cdlib.org/escholarship/
加利福尼亚大学国际和区域数字馆藏研究项目。EScholarshipRepository主要提供已出版的期刊论文、未出版的研究手稿、会议文献以及其他连接出版物上的文章1万多篇。
15、剑桥大学机构知识库
网址：
由CambridgeUniversityLibrary和University ComputingService维护，提供剑桥大学相关的期刊、学术论文、学位论文等电子资源。速度很快。
说起文献管理，大天朝的小伙伴们首先默认想到Endnote，Endnote是一款功能强大的文献管理软件，可以非常方便地在word中插入所引用的文献。Endnote对英文文献的兼容性好，并且可以满足将中文文献插入word中, 是最经典的文献管理软件。Endnote具体如何使用，以下文章做了说明：
除Endnote 以外的7个文献下载软件
但在软件领域，它可不是独领风骚，一家独大，在国际科研界，数得上名号的还有另外七个软件：colwiz、F1000Workspace、Mendeley、Papers、ReadCube、RefME和Zotero。JEFFREY M. PERKEL在Nature上比较了这几个软件的核心功能，不想被Endnote挡住自己渊博知识储备之路的小伙伴们可以一探究竟。
这8个软件，有的擅长简化浏览和构建文献库流程，有的则擅长创建文献目录、通过共享工作空间或者推荐文献实现团队的协助合作，可谓各有所长。只是，F1000Workspace和Papers都是明摆着要给钱的，其他软件虽然某些功能受限，在开放那些免费功能已经够我等屌丝捯饬很久了。
每一个软件的存在都是为了帮助研究人员管理下载后杂乱无章、哪里方便存哪里、每到用时找不到的那些PDF文件。你说好不容易下意识的建立了一个文献文件夹吧，一打开简直爆满，每次下载的时候都重命名然后根据领域或者研究对象归类文件夹么？
如此细心活儿，臣妾做不到啊！好在参考文献管理软件可以通过索引电脑硬盘来帮你解决一派混乱的局面。特别是当你把一个PDF文献拖拽至应用软件窗口，会促发软件识别文献的DOI或者标题，从在线的服务器检索相关数据（比如标题、关键字和文献作者）。
下载后的PDF文献很多很杂，怎么管理这些文献用起来方便呢？给这些PDF文件命名是门学问。根据文章题目？文献的标题大多很长啦，当你要找一篇文献的时候，你要一个一个点么？
那么，今天就要介绍一种高效的PDF命名方案，小伙伴不妨参考参考。
这个方案需要借助Endnote,在网上看到“心仪的”paper，不只要下载PDF，还要将文献导入Endnote。虽然工序是多了一道，但为了日后方便查阅，这是不可忽略的动作。这样文件里有一个pdf文件，EndNote里则对应着一个文献记录。
PDF文件的命名原则：选择能够唯一标识一篇paper的最少信息组合来做文件名。比较好的方式就是：期刊名缩写+卷号+首页。其他信息就免了。例如：J. Appl. Phys. 104 091901.pdf
这样的话，不需要看到文件名就大概知道这篇文章讲什么。为什么？因为文件夹里每一个PDF在EndNote里都有记录，在EndNote里浏览标题，遇到想看全文的，根据记录的期刊名、卷号和首页，就自然能在文件夹里找到相应的pdf文件。就算有两千多个文件，按Name排序，也能很快找到。
如果你在网上看到一篇文章，且感觉似曾相识，是不是已经下载过呢？这时通过EndNote就能很快查出来，设置文献在EndNote里排序方式，可以按Journal Name、Year、Volume、Page等进行排序。按Journal Name排有利于检查一篇paper你是否已经有了。按年份排则有利于写综述之前的文献阅读，方便你撰写最新的研究进展。
每次检索某些热门领域的最新文献都麻烦的很，要定期去各大数据库或者杂志网站输入关键字后自己慢慢筛选，你说烦不烦！要是文献能主动送上门那才是一桩美事，别说，还真的可以，下面有两种“一劳永逸”的方法：
文献鸟Stork
文献鸟Stork是一款简单易上手的文献订阅工具，只要你把所有想跟踪的主题提炼出关键词，或者领域内大牛的人名输进去，就坐等通知吧！每天Stork会帮助你自动搜索然后把结果发给你，让你第一时间知道所关注领域的新文献，要是一次检索出的文献过多，Stork就会把每篇文章对应期刊的影响因子用颜色标记出来（颜色越黄，影响因子越高），帮你快速选择最值得阅读的文献。
首先在浏览器中输入网址Storkapp.me，界面出来后输入邮箱然后点击“sign up for free”：
网站会给你邮箱发链接设置密码、用户名等等，这里就不在赘述了，然后跳转到主页：
每输入一个关键字点击一下add，小伙伴们有没有注意到上图下半部分的Examples，是告诉你具体的关键字规则，比如输入stroke thrombolysis的意思是只要文献中包含stroke和thrombolysis，“stroke thrombolysis”则是把两个单词当成一个整体的短语进行搜索；你想要找Nature杂志的最新文献，不想附带的把只要包含了nature单词的文献都搜索出来的话，就在nature后面加上[Journal]即可，相信大家都是可以看懂的。这里添加了lncRNA、microbiota、CRISPR三个关键字，点了即时发送：
立马就收到邮件了！每个关键字都分paper和Awarded Grants，当然我们只关心paper啦！除了标记出影响因子，有免费全文的也会给予提示，没有免费全文的当然就用神器sci-hub（sci-hub.zz）了。
Pubmed文献订阅
Pubmed有订阅文献的功能？当然了！不过要提前注册下，在首页的右上角：
激活用户后，我们回到pubmed搜索，还是以CRISPR为例，点击search后，搜索框下方会出现create alert，点击后跳转到my NCBI页面，会询问你是否愿意接受CRISPR相关新文献的订阅推送，可以选择频率每月/每周/每天推送：
点击保存就可以坐等文献飞送到你眼前了。
61：非编码RNA类型及功能汇总，吐血推荐！
62：一文读懂 | 与自噬相关的mTOR信号通号
63：干货 | Oligo设计引物，就是这么简单
64：跟着13分文章学作图，等着收获SCI吧（origin8教程）
65：干货 | 磷酸化抗体使用必杀技
66：Discussion写作模板：从3分、5分到10分
67：一文包会：Web of science数据库应用宝典
68：读图 | qPCR那些奇奇怪怪的曲线都代表啥？
69：MicroRNA，如何实现从零基础到10分的跨越
70：ELISA实验操作中值得关注的细节大盘点
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