骚年且慢，闯科研江湖可别少了这些装备（含15款软件下载链接）
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编译：解螺旋.子非鱼
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正所谓，木匠爱小刨，钳工爱锉刀。那么做实验，又怎能少了一些常用的必备软件工具呢？要知道就在实验菜鸟感到茫然无措的时候，聪明的科研者们早就借助一些可事半功倍的科研软件顺利完成了课题研究。那么为了更好的解决实验上的“痛点”，本文将15款最受实验狗青睐生物软件分享给大家。
1.BLAST NCBI——序列比对的经典款
下载地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
NCBI是一种比较初级序列信息的算法。BLAST搜索允许你将感兴趣的序列与数据库的同源性序列进行比较。它也可以用来对比不同类型的序列，如氨基酸或核苷酸。
2. Ensembl——基因组数据库
下载地址：http://asia.ensembl.org/index.html
Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能针对参考基因组（reference genome）自动产生关于基因比对和其他数据的图形视图。Ensembl的一个特点就是你可实时打开或关闭某些功能或者依据你的兴趣进行信息追踪；同样，它在获取基因一些基本信息如转录长度、编码外显子数甚至有关GO的详细细节上，都是非常有用的。
3. Primer3——引物在线设计软件
下载地址：http://www.simgene.com/Primer3
这是一个非常好的免费在线软件，用于设计和分析用于PCR和qPCR的引物设计，也可为测序反应选择单引物以及设计寡核苷酸杂交探针。该软件还包括一些引物检测、克隆、测序等重要功能。
4. GEO（NCBI）——高通量基因表达数据库
下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
GEO是NCBI提供的另一种工具，它是一个储存高通量功能基因组学数据的数据库，这些高通量功能基因组学数据来自芯片和新一代的测序仪得到的试验数据。GEO除了收录基因表达数据之外还收录其它数据，例如基因组拷贝数变异数据、基因组-蛋白相互作用数据以及基因组甲基化数据等。
5. UniProt——综合性蛋白质数据库
下载地址：http://www.uniprot.org/
这是一个关于蛋白质序列和功能信息的高质量且易于访问的数据库，整合了Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 。许多蛋白序列都来自于基因组测序项目，而且它还包含了来自研究文献中蛋白质的生物学功能的大量信息。
6. IPA——基因功能分析的领航者
下载地址：https://www.qiagenbioinformatics.com/products/
IPA(Ingenuity Pathway Anaylsis)是一款基于云计算的一体化应用软件，可以分析、整合、理解来源于基因表达、microRNA、SNP微阵列、代谢组学、蛋白组学、RNA-Seq实验以及能生成基因、化合物表达的各类小规模实验数据。IPA数据库还包含各类基因、蛋白、化学分子、药物的靶标信息，并且可以构建实验系统下的相互作用模型。这个软件虽然不是免费的，但是却有一个免费试用期。
7. Reactome——信号通路数据库
http://www.reactome.org/
该数据库是一个包含多种信息的通路数据库，存储了大量的代谢通路信息及生化反应信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。该数据库中所有的生物过程中的反应以分层次的方式组织起来的，较低的层次对应着反应。较高层次的代表着通路。
8.GeneMANIA—— 蛋白互作检测在线工具
下载地址：http://genemania.org/
该数据库能通过大量的功能相关数据找到与输入的单个或一组基因相关的基因，且该数据库也包括了蛋白质/基因相互作用、共表达和共定位数据。
9.Restriction Mapper—— 限制酶切割位点预测在线软件
下载地址：http://www.restrictionmapper.org/
通过这个工具可查找适用于DNA序列的限制性内切酶。
10. Molecular Biology Protocols Online——protocol万事屋
下载地址：http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/
每当遇到从未做过的实验时，实验新手总会抓狂，到哪儿找Protocol呢？度娘虽然万能，但容易把人带到“沟里”去。为了避免此情况发生，你可在这个网站中查找任意一个你所需要的分子生物学实验protocol，比如从RNA提取到转染再到克隆的实验protocol。
11. Vector NTI Advance 11.5——综合性蛋白核酸分析工具
下载地址：http://en.freedownloadmanager.org/Windows-PC/Vector-NTI-Advance.html
Vector NTI Advance是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包，包含了一整套数据分析和管理的工具 。里面的东西很多，可以对质粒图谱进行查看和编辑、序列比对等。
12. SnapGene——分子生物学图形绘制工具
下载地址：http://www.snapgene.com/
这个软件很强大，可以进行多序列比对、自动引物设计、支持Gibson Assembly、直接导入Genbank 序列号等。当然价格也很强大，单一授权 $350/年，或 $750/永久，但是有30天的免费试用期。
13. Image J——图像处理软件
下载地址：https://imagej.nih.gov/ij/download.html
Image J是一个基于java的公共图像处理软件，可在Linux、Mac OS和Windows等平台上运行。该软件具备多种图像处理和分析功能，支持图像栈（stack）功能，即可在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，同时并行处理，在医学影像学诊断领域的应用非常广泛。
14.SJR—— 影响因子免费查询工具
下载地址：http://www.scimagojr.com/
这个是非常实用的免费的IF查询网站，因此可以了解所研究领域杂志的IF，以及了解本领域哪些杂志可以投稿！
15. Semantic Scholar——文献快速检索网站
下载地址：https://www.semanticscholar.org/
Semantic Scholar是由微软联合创始人Paul Allen做的免费学术搜索引擎，其检索结果来自于期刊、学术会议资料或者是学术机构的文献。它提供了更多信息筛选的角度，包括论文的影响力，媒体报道(Twitter数据)、作者等，同时也直接提供图表预览，能减少科学家的检索论文的时间。
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