东林大神志 | 从BOLD到GOLD,东林人的iGEM金奖之路
初衷,
为维和战士提供安全保障
BOLD为Bio-opticallandmine detection的缩写,是今年东北林业大学iGEM参赛团队的队名,也是团队的参赛项目——生物探雷工兵。同时,“BOLD”有英勇之意,一语双关,既契合了参赛项目内容,又象征着排雷战士的勇敢,还代表着这支iGEM参赛团队不惧困难、勇往直前的精神。
谈到项目灵感,李清华说:“最初看到中国维和部队赴黎巴嫩排雷的新闻,战士们基本都是手工排雷,或者是炸药爆破排雷。我就思考能不能用生物的方法去辅助检测地雷这样就减少了危险意外,最大限度保障了排雷战士的安全。”
这样朴实的表达,很符合李清华严谨求实的作风。但我们都知道,这样简单的想法背后,是他和团队成员那颗心系维和部队官兵生命安全的赤子初心。
对于项目的生物排雷原理,指导老师王鹏超介绍:“项目综合多领域专业知识,以能够响应地雷标志物DNT,2,4-二硝基甲苯的生物传感器为基础,综合利用合成生物学理论、3D打印技术和物联网技术,开发出一种远程控制的生物探雷方法。”
队员张北方则在一边演示:“这是地雷,它会释放出一些化学物质(DNT,2,4-二硝基甲苯),透过土壤飘到土壤表面的空气中。这是我们的排雷装置,我们把装置从雷区上方投放下来,这些DNT小分子就会通过风扇收集到我们的装置中。装置中有像果冻样的凝胶,凝胶中的细菌遇到DNT分子后,细菌就会发光,光传感器感受到之后,就会发出信号,信号接收设备对信号进行数据处理和概率分析,探雷的过程就完成了。”
队员位竹君则作了进一步的阐释:“我们想要基因在菌里表达,需要一个开关,也就是启动子,我们通过随机突变和半理性突变来优化这个启动子,使基因表达量提高,也就更好监测了。”
一番通俗风趣的解释,记者一下子就明白了其中原理。但记者不知道的,是这样简单的作用机制,所代表的相关领域的国际先进水准——“我们做的启动子启动途径,在文献中可查的有一个阈值,我们把这个阈值降低到千分之一,可以说,这是在世界上该领域相当靠前的一项突破。”队长李清华骄傲地说。
回首金奖之路,队员们感慨万千,向记者讲述起备赛经历。
困境,
东林人的字典里就没有“放弃”二字
2020年1月16日,学校在实验室进行完iGEM比赛培训,队员们放假回家,准备休息两周后返校备赛。几天之后,突如其来的新冠疫情,打乱了整个团队的备赛安排。
“正常来说,我们只能在家半个月,假期只有两周,年前一周,过完年正月初八就会出现在实验室了,”李清华说,“无法返校备赛,让每一名队员都感受到了压力,一年的备赛周期,没有人能以最好的状态坚持那么久,到后期,考验的就是自律性和责任心。”
队员们在实验室
实验无法进行,后续难以推进,建模缺少数据,沟通存在问题……问题铺天盖地而来,一筹莫展的队员们只好在家中想办法、赶进度、完善计划。无法进行实验,那就提前制作网页,将能做的做到最好;沟通存在问题,那就加强组会频率,隔天开一次组会,组会上队员们分享自己的最新文献发现和思路观点,大家先记下来,深入研究后继续在下次组会探讨。“有时候,组会开到凌晨一两点,”李清华说。
队员郑义形象地打了个比方:“一开始,大家感觉像在金字塔基座上,思路很广,感觉每一个想法都充满了无限可能性,都能支撑着建起一座金字塔。经过论证,越到后来,越像到达金字塔尖,往上的通道越来越窄,面临的困难和挑战则越来越多,需要查询海量的文献,和指导老师时刻研究探讨,才能往前推进一点点。”
这项研究学科交叉性强,从团队汇聚了生命科学学院、林学院、奥林学院、化学化工与资源利用学院、经济管理学院、信息与计算机工程学院相关专业的顶尖好手,就可见一斑。项目极具创新性,推进难度也不难想象。
当问到有没有想过放弃时,李清华直言不讳:“我们的字典里就没有‘放弃’这俩字。”
功夫不负有心人,最终,BOLD团队凭借项目实践性好,硬件条件有保障,学科交叉性和项目创新性强,在校赛中获得专家好评,获得代表学校参加iGEM的名额。
冲刺,
把行军床搬进实验室
7月底,东北林业大学迎来了第一批返校的6名本科生,他们全都是iGEM队员。返校的第二天,6人就冲进了日思夜念的实验室,他们清楚地了解一个现实,本来有10个月的比赛筹备时间,如今,压缩成了4个月。
时间紧迫,队员们必须争分夺秒。“从早上八点到晚上十点,除了吃饭睡觉,一没有课,大家就泡在实验室里,有时甚至会包宿,到后来我看他们实在太累了,就给他们买了一张行军床。”李清华说道。
实验的不可预见性,使得队员们必须一次又一次进行实验,并通过实验及时调整方案。团队最初选择的是曾获诺贝尔奖的“PACE(噬菌体辅助连续进化,Phage-assisted continuous evolution)”方案,但几次实验下来,试验结果不理想。经过讨论,队员们最终放弃了这一权威的方案,选择了随机突变(即易错PCR以及半理性突变)方案。对此,队员们说:“科学要严谨,更要有不惧权威的怀疑精神,这是对科学研究的最大的尊敬。”
为了解决某些方面的问题,队员们还与东北大学、北京化工大学等高校科研人员进行了线上交流,在清华附中、哈六中等高中进行了宣讲。一位专业人士在线上交流中,向队员们介绍了地雷种类,也给队员们提供了新思路,让队员们受益匪浅。
付出和汗水,总会有回报。虽然前期不能返校耽误了实验进度,但靠着前期的积淀和返校后夜以继日的研究,最终的实验数据和建模后的可视化实验结果都非常理想。
队员们所期待的,就剩了与各国参赛团队一决高下。
金奖,
注定是努力后必然的回报
今年的iGEM比赛选择了线上答辩模式。比赛来临前的几天,队员们进行了角色扮演,变身竞赛“评委”,构想一系列刁钻的问题,不停推演答辩情境。为了让场景更加逼真,他们特地请来专业老师扮演评委,用英语提问问题,为最后的答辩做了充分的铺垫。
“为了让大家进入到情境中,我们约定在比赛前的12小时,大家全英文交流,谁说一句中文就罚谁一元钱。”谈到这个插曲,队员们笑了。
“提交wiki时,老师都已经准备好通宵了,但今年我们提前一天就准备好了,所以就没有熬夜,老师挺高兴的。但是,到后面交presentation video的环节,我们到次日早上七点才最终制作完成,老师开玩笑似的说‘每年iGEM比赛终归要通一次宵,今年也不例外了’。”说到这里,队员们又都开心地笑了起来。
今年iGEM比赛答辩时间为3天,东林BOLD团队被安排在了美国时间14日早8点,而北京时间是晚上9点。面对以前未曾出现过的线上答辩模式,队员们特地把项目介绍浓缩在1个20分钟内的视频里,同时准备了海报、网页等多种展示方式,以便评委有一个更直观、更综合地了解。即便如此,当一位法国评委,操着“法式英语”,以很快的语速提出问题时,队员们还是心头一惊,在重复听了一遍问题后,队员们流利地用英语作了回答。队员郑义说:“当法国评委问完问题后,我冷汗都流下了,幸亏我们之前以英语情境模拟了很久,才临危不乱。”
11月23日0:30,金奖结果公布的那一刻,队员们都沸腾了。将近一年的努力,无数次云端的组会,无数次持续到凌晨三点甚至通宵的实验,无数次推翻重来的懊恼……在那一刻,都有了意义!
传承,
东林学子永不停歇探索的脚步
在谈到和iGEM的渊源时,队员位竹君说:“大一时,学长就介绍了iGEM比赛,那时候,我还不清楚iGEM是什么竞赛。后来,通过各方面了解,我也报名了iGEM,但因为个人原因没有坚持下来。到了大二,我感觉自己可以了,有了冲击一下的信念和信心,咬咬牙,就在团队中坚持了下来。”
队员们说,东林人的iGEM精神在于“传承”,队长李清华说:“团队取得荣耀之后,一部分要作为‘火种’,带领新的东林学子把比赛传承下去。现在,对iGEM比赛感兴趣的同学越来越多了,队伍也壮大了,我们的联络群里有来自十几个院的几百名学弟学妹,真的就是像老师所说,‘打破了学院间的交流壁垒,实现跨学科交流’。看到这么多学弟学妹蓄势待发,向下一次梦想发起冲击和挑战,我们非常开心和满足。”
获奖后,队员们还没来得及聚餐庆祝,就已经开始制作PPT和海报,排出了培训课程表,为接下来的宣讲会做准备。很快,又将有一批nefuer承接未来。
往期精彩