SLAF构建南美白对虾高密度遗传图谱

本篇文章研究的物种为高杂合度的南美白对虾，采用Illumina Hiseq 2500，PE100测序平台，SLAF-seq简化基因组测序技术，对两个亲本及149个F1子代个体进行测序分析。

研究结果

本研究所用的群体类型是F1，149个个体，利用SLAF-seq技术对样品进行高通量测序开发分子标记。共获得456,620,260个reads，开发了114,829个SLAF标签，其中多态性标记25,140个，成功编码的高质量标记6359个，采用拟测交的原理构建了包含44个连锁群的遗传图谱，总图距为4,271.43 cM，平均图距为0.7cM，其中雄性图包含4201个标记，雌性图包含4396个标记，中性图包含6146个标记，同时对构建的图谱进行了独创性的图谱评价。

白对虾部分连锁群

结合白对虾生长性状的数据分析，定位到11个与体长紧密相关的QTL位点，7个与体重相关的QTL位点，分布于不同连锁群上，其中只有Marker 7605与两种性状同时显著相关，对于后续的分子标记辅助育种具有很好的利用价值。

体长相关的QTL

利用区间作图法，定位到体重和体长QTL共11个，共可解释表型变异为38.56%。其中位于连锁群33标记24250位置的QTL解释表型变异达到17.9%，LOD值为6.5，为一主效QTL。

遗传图、Scaffold、BAC共线性比较

 白对虾是一个高杂合物种，其基因组含有80%的重复序列，其基因组组装是一个很大的难题。本研究通过对遗传图谱、白对虾初步组装的Scaffold、BAC测序的序列进行共线性比较，最终使得5922个标记锚定到5885个Scaffold上，有利于后续白对虾的基因组组装。

参考文献

Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for  the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei .

文案：bmk

编辑：fuxj