(文章篇)S3E10:哎呦嘿,这小丫头片子还有两幅面孔呢?!
大家好,昨天我们分享了一篇Cancer Cell,介绍的是lncRNA通过影响蛋白的磷酸化修饰发挥功能,今天我们分享另外一篇Cancer Cell,换个角度来看lncRNA的功能和分子机制。
A long noncoding RNA activated by TGF-β promotes the invasion-metastasis cascadein hepatocellular carcinoma. Cancer Cell. 2014 May 12;这篇文章是二军大的孙树汉教授在2014年发表的,孙教授是国内做lncRNA研究的大牛了。
先上机制图:
这篇文章的主角是lncRNA-ATB (lncRNA activated by TGF-β),说的是:
lncRNA-ATB被TGF-b激活上调(上游);
lncRNA-ATB通过与ZEB1/2 mRNA竞争结合microRNA200s的方式(ceRNA)上调ZEB1/2表达,影响细胞上皮间质转化(EMT),从而促进肿瘤侵袭;(下游1)
lncRNA-ATB通过与IL11 mRNA直接结合,以提高其稳定性的方式上调IL11表达,并促进IL11分泌,激活STAT3信号通路,从而促进肿瘤迁移定植;(下游2)
其中下游的两种调控方式我们以前都讲过,分别见:
聊基金系列•第三期: 竞争性内源RNA(敌之敌,即吾之友)
(策略篇):反义lncRNA调控邻近基因的经典模式与例外
总的来说,这篇文章相对来说还是蛮亲民的,主要内容包括四部分:
1. lncRNA-ATB的发现与鉴定;
持续看我们文章的小伙伴应该知道这里要讲什么了,对,就是“八部天龙”,即对新发现的lncRNA需要做哪些工作,这里我们简单说明。
没有看到的小伙伴可以看这两篇:
(文章篇)S3E7:一文掌握lncRNA研究的套路和创新点
(文章篇)S3E9:lncRNA研究,做到什么程度才能发Cancer Cell?
这里补充说明一点: 作者先用TGF-β处理细胞,通过表型和marker蛋白检测确定细胞发生EMT后,再做的lncRNA芯片,因为要检测的是受TGF-β调控的lncRNA分子。
好了,花开并蒂,各表一枝,我们看lncRNA-ATB作用机制的两部分。
2. lncRNA-ATB通过miR-200s上调ZEB1和ZEB2表达;包括两部分:lncRNA-ATB与miR-200s结合,lncRNA-ATB上调ZEB1和ZEB2表达。
lncRNA-ATB与miR-200s结合
为了验证lncRNA-ATB与miR-200s的结合及调控,除了我们介绍过的RNA pulldown和RIP外,还用了MS2-IP的方法来筛选与lncRNA-ATB结合的microRNA,MS2-IP的实验原理如下,这个技术在下一部分还有用到。
lncRNA-ATB上调ZEB1和ZEB2表达
这一部分的关键点有三个:
lncRNA-ATB与ZEB1/2表达正相关,并且互相调控;
两者都与miR-200结合并受到miR-200抑制;
没有miR-200,lncRNA-ATB与ZEB1/2之间的调控关系丧失;
3. lncRNA-ATB稳定IL-11 mRNA,并激活IL-11/STAT3信号通路
实际上lncRNA通过稳定基因的mRNA,提高基因表达水平的方式是比较常见的,我们上次在介绍反义lncRNA调控邻近基因经典模式最后说:能够提高编码基因mRNA的稳定性从而上调基因表达的lncRNA不一定是编码基因的反义lncRNA,这里就是一个例子,虽然 lncRNA-ATB发挥了稳定IL-11 mRNA的功能,但其并不是IL-11 的反义lncRNA。
后面部分是 lncRNA-ATB的细胞、动物功能和临床部分,我们简单介绍,相信大家都可以看懂。
4. lncRNA-ATB促进肿瘤侵袭迁移定植。
好了,这篇文章讲到这里基本就结束了,我们来思考一下:
lncRNA-ATB下游的两个机制我们前面都有讲述,而且两个机制都不是非常非常新的思路,不过一旦组合,其能量还是蛮可观的。那我们在做研究的时候,是否也可以通过组合技来提高文章的档次呢? 我相信肯定是可以的,前提是能做出来。
关于 lncRNA-ATB被TGF-β上调的分子机制,是作者没有做呢?还是做了没有结果呢?还是文章中已经有提及了呢?大家可以想想,也可以回复给我们,一起讨论。
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