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(工具篇)S5E44:一个神器扔给你几个课题,自己挑!

2016-08-05 小张 小张聊科研

(主题篇)S5E31:一文了解RNA甲基化的来龙去脉(文章篇)S5E33:RNA甲基化,从一篇PNAS到基金课题设计两篇文章中,我们分别介绍了RNA甲基化涉及到的研究背景、文章和基金,并以PNAS的一篇文章为例,说明了如何以这篇文章为例来设计RNA甲基化的课题,今天我们介绍一个网站,看如何用好这个网站的信息,来设计出RNA甲基化修饰有关的课题。

这个网站就是MeT-DB: a database of transcriptome methylation in mammalian cells.http://compgenomics.utsa.edu/methylation/



我们直接看P53的信息查询:


那么,结合RNA甲基化修饰的情况,这些信息怎么用呢?

  1. P53的mRNA甲基化修饰是否与其表达有关呢?

  2. 如果有关,哪些位点以及因素参与到 P53的异常表达呢?

    比如:P53的mRNA的3'UTR区的甲基化是否影响microRNA的结合和对其表达的调控?


比如我们上次讲过的文章:(文章篇)S5E33:RNA甲基化,从一篇PNAS到基金课题设计

或者:

A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3' UTRregulation.Genes Dev. 2015 Oct 1;29(19):2037-53. 

如何申请基金的话这个题目怎么样?

P53 mRNA甲基化修饰在microRNA***促进肠癌转移中的作用

写文章的话:

microRNA*** sensitive P53 mRNA m6A modification in the progression of  NSCLC

再比如:P53的mRNA的甲基化是否影响RNA结合蛋白与其结合,以及下游的功能和分子机制?


比如:P53的mRNA的甲基化修饰影响了剪接因子XXXX与其结合,并调控了P53的剪接结果。

或者P53的mRNA的甲基化修饰影响了翻译因子与其结合,影响其翻译过程。

关于P53mRNA的RNA结合蛋白,可用数据库RBPDB预测:




That’s all. Thank you!



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