国科金写作,如何根据疾病选信号通路?
在大家撰写国科金标书中,信号通路的选择是常遇到的一个问题,那么哪些通路是用的最多的呢?今天我们就先来梳理出现频率最高的通路和相关疾病,然后告诉大家一个神器。
我们先看统计过程,通过科学网基金信息查询网(http://fund.sciencenet.cn/)检索“信号通路”,时间选择是2017年:
结果出现了788条,其中医学部672条,生命科学部116条:
我们选择这两个学部,并把所有信息整理下来:
然后我们统计各信号通路的出现频率(考虑到通路的不同表述方式关系,我们进行合并)并进行排序,结果如下:
用的通路前十名是:NF-kB,Wnt/β-Catenin,PI3K-AKT,TGF-β/SMAD,P38 MAPK,NOTCH, JAK-Stat-IL6, mTOR,AMPK和Keap1-Nrf2,其它的通路如Hippo,JNK,Hedgehog等出现频率也很高。
关于这些通路所对应的基金项目就不在本文介绍了,大家直接从网盘下载即可,内容包括每条通路的通路图和对应的基金项目。如TGF-β/SMAD
下载链接:https://pan.baidu.com/s/1c14Q4qW 密码: e34g
下面我们看如何通过数据库从疾病出发找到对应的信号通路。这里使用的数据库是
MalaCards: The human disease database
数据库网址:http://www.malacards.org/
在红色框中我们输入要检索的疾病:hepatocellular carcinoma,在出来的结果里面,我们可以看到gene、pathway、drugs等信息
我们单击pathway就出现了:
点击右上角的框可以显示21条通路的信息,其中包括Wnt通路等,这里有很多是超级通路(superpathway),我们单击展开后就能看到如mTOR,NFkB等通路。
单击NFkB通路名字会链接到tocris的网站上对应的通路图:
另外,除了通路的信息外,malacards网站还可以查询其它信息,比如药物、症状、基因、文章等。
That's all. Thank you!
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