分子机制研究的两种模式，你的研究属于哪种？

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上次我们总结过分子机制研究的五个层次：相关性、因果关系、直接作用、嵌套组合和观念创新（分子机制研究的五个层次，你的研究在哪个层次？），今天我们来看分子机制研究的两种模式：棍扫一大片和枪扎一条线。我们在以前大部分的文章介绍的都是“一条线”模式，即从一个分子出发在上下游进行探索延伸，比如分子A的上调表达是由B分子或者B通路介导，A分子的上调又激活或者阻断了C分子或C通路；而“一大片”模式是说A分子的作用改变的是某个效应或者疾病的全貌。

说的更通俗一点，“一大片”模式比较类似于”油价波动对全球经济的影响’，而“一条线”模式则是“周克华杀人事件的来龙去脉”，这两个事件社会轰动效应都比较大，不过一个是全球性的，一个是局部的；一个是广度，一个是深度；因此从杂志的角度来说，两者都会选作为主体，因为读者（也就是我们）喜欢看。所以我们常常在CNS等顶级刊物上看到这两类文章：

一大片模式：

• Exploring genetic suppression interactions on a global scale.Science. 2016 Nov 4;354(6312). pii: aag0839.

• A global genetic interaction network maps a wiring diagram of cellular function.Science. 2016 Sep 23;353(6306). pii: aaf1420.

• A Landscape of Pharmacogenomic Interactions in Cancer.Cell. 2016 Jul 28;166(3):740-54.、

• Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.Cell. 2016 May 19;165(5):1280-92. 

• Landscape of tumor-infiltrating T cell repertoire of human cancers.Nat Genet. 2016 Jul;48(7):725-32.

一条线模式：

• AMPK-SKP2-CARM1 signalling cascade in transcriptional regulation of autophagy.Nature. 2016 Jun 15;534(7608):553-7. 

• Pathological axonal death through a MAPK cascade that triggers a local energy deficit.Cell. 2015 Jan 15;160(1-2):161-76.

• An LXR-Cholesterol Axis Creates a Metabolic Co-Dependency for Brain Cancers.Cancer Cell. 2016 Oct 13. pii: S1535-6108(16)30443-3

• Immunomodulatory drugs disrupt the cereblon-CD147-MCT1 axis to exert antitumor activity and teratogenicity.Nat Med. 2016 Jul;22(7):735-43.

当然，大家可能更喜欢看的是“一条线”模式，因为这种模式比较容易讲故事，而讲一个好故事对于我们写标书也是非常有参考意义的；而“一大片”模式虽然意义同样重要，但是对我们来说可能看起来比较乏味，这也是我们看这种文章经常看不懂的原因，因为术语太多，表格都是统计结果，一点都不形象。

枪扎一条线

棍扫一大片

说过上面两种模式我们已经说过了，下面我们来看一个例子：日本人山中伸弥（Shinya Yamanaka）于2006年利用病毒载体将四个转录因子（Oct4, Sox2, Klf4 和c-Myc）的组合转入分化的体细胞中，使其重编程而得到的类似胚胎干细胞的一种细胞类型（诱导多能干细胞，induced pluripotent stem cells, iPS cells），正因如此，他与英国科学家约翰·格登分享了2012年诺贝尔生理学或医学奖。

这里我们看一下这里用到的四个基因：Oct4, Sox2, Klf4 和c-Myc，这四个基因都是转录因子，而转录因子的作用模式又分为一般和特殊两种，就像抗生素有广谱抗生素和窄谱抗生素一样，而通过影响棍扫一大片的这种“广谱”转录因子才适合在比较少人为诱导下影响细胞命运。

好了，今天的内容就到这里了，下次我们再举例聊转录因子的“广谱’和”窄谱'调控特性。

HELLO,I'M BAYMAX

That's all. Thank you!

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