这篇文章可能颠覆你对lncRNA的理解……
lncRNA作为近几年科研的大热点，大家应该不陌生了。但是，也不是所有研究lncRNA的文章都能发Cell。我们以前在介绍分子机制研究的时候说过分子机制研究的五个层次（分子机制研究的五个层次，你的研究在哪个层次？）：
我们看到从层次四到层次五，最主要的区别是观念上的创新，今天我们就以这篇文章为例看一下。
关于文章的具体内容，我们用通俗的语言说明下：作者研究的是紫外线辐射对细胞DNA损伤和转录调控的分子机制，是一个非常基础的主题。下面是作者的研究思路：
紫外线辐射会剧烈抑制RNA聚合酶II的转录起始、以及转录的延伸（研究背景），但是具体如何发挥功能则不清楚。
1. 紫外线辐射导致细胞中基因转录出来的RNA长度变短，原因是转录过程中RNA延伸变慢。
2. RNA的延伸通常与mRNA的加工（比如RNA的可变剪接，参考文章：聊基金系列 • 第一期：选择性剪切（一龙生九子，九子各不同））过程相关，而进一步分析RNA的多种可变剪接方式，发现ALE这一种剪接方式占了大约1/3，因此作者重点关注紫外辐射如何影响ALE这种剪接方式发挥功能。
注：ALE（Alternative Last Exon）：最后一个外显子可选择的剪接方式。这种剪接方式能够导致RNA的不同转录本长度出现差异（对应到上一步UV导致RNA长度变短的表型）。
3. 我们知道UV辐射对细胞来说是一种影响广泛的外界压力，会影响细胞的转录过程。接下来作者就要要聚焦到具体的分子（基因）了。首先作者发现被UV辐射下ALE这种剪接方式影响的基因中影响基因转录的有84个，进一步对这84个基因与另外一个数据库中DNA损伤相关的并且参与转录调控的基因进行比对打分，结果发现：基因ASCC3是打分最高的，并以基因ASCC3作为主角展开下面的研究。
4. 接下来的问题是：UV是否以及如何影响基因ASCC3的ALE剪接从而调控基因转录呢？首先ASCC3基因能够产生多条mRNA，长的RNA叫ASCC3 long，短的叫ASCC3 short，进一步把ASCC3 long和ASCC3 short沉默后通过RNA-seq检测发现：ASCC3 long与ASCC3 short对基因转录的作用是相反的，ASCC3 long抑制基因转录，而ASCC3 short促进基因转录，进一步的挽救实验也表明：ASCC3 long沉默挽救了ASCC3 short 沉默对基因转录调控的影响。
单看这个结果就已经有些意思了：一个基因转录出来的两个mRNA功能相反。不过，这样的基因也不是没有，比如BCL2基因转录的mRNA BCL-xL是抗凋亡的，而 BCL-xS就是促凋亡的；CRMP-1的转录本LCRMP-1是促进肿瘤的转移的，而另外一条RNA CRMP-1的功能也是相反的；KLF6基因的转录本KLF6-WT是抑癌基因，而转录本KLF6-SV1则是癌基因。
好，我们接着往下看。
5. 下面的问题是：ASCC3 long和ASCC3 short两者之间是什么关系？首先ASCC3 long 沉默不显著影响ASCC3 short表达，反之亦然。也就是说ASCC3的long和short两条mRNA之间不存在直接调控关系。因此作者推测