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师兄 小张聊科研 2019-06-30

1生信分析有啥用?


生信分析就是生物信息的数据挖掘,为什么科研汪需要生信挖掘?

第一:找疾病相关marker,找研究的分子!

第二:直接发文章,毕业!

第三:设计实验方案,申基金!

人类基因组有30亿对碱基,2.5万个基因,非编码RNA有数十万种,每个分子上下游作用机制繁多,例如lncRNA有10多种分子机制,而生信分析让科研变得高效、轻松。

生物信息学在对高通量工具得到的蛋白质、基因、RNA、小分子代谢物等庞大海量的数据进行分析相关性,可以帮助你我找到要研究的目标分子和潜在作用机制,让科研事半功倍。

生信分析的文章也是论著(Article),部分小伙伴没太多时间精力去做实验,生信分析也可以助你早点毕业呢。

Pubmed经典生信文章举例:

糖尿病,3.3分,Genome-wide gene expression profiling reveals that CD274 is up-regulated new-onset type 1 diabetes mellitus;

类风湿关节炎,2.7分,Reconstruction and analysis of the lncRNA–miRNA–mRNA network based on competitive endogenous RNA reveal functional lncRNAs in rheumatoid arthritis;

冠心病,2.4分,CDKN2B-AS may indirectly regulate coronary artery disease-associated genes via targeting miR-92a;

结直肠癌,2.7分,Aberrantly methylated-differentially expressed genes and pathways in colorectal cancer;

卵巢癌,3.5分,Cross-validation of genes potentially associated with overall survival and drug resistance in ovarian cancer.

食管癌,5.2分,Identification of molecular targets for esophageal carcinoma diagnosis using miRNA-seq and RNA-seq data from The Cancer Genome Atlas: a study of 187 cases.

......

2生信分析的经典模式


生物信息挖掘有固定模式的,以下为临床出发的经典模式供参考


第一步:科研问题确定

胰腺癌,EMT,lncRNA?耐药?

缺血再灌注?肝脏?自噬?

骨质疏松?成骨细胞分化?miRNA?circRNA?


步骤二:数据库选择、下载

数据库:TCGA、GEO、ArrayExpress等


步骤三:分子筛选、生信分析

差异基因筛选:R语言、GEO2R等

功能注释和富集分析:DAVID、funrich

蛋白质网络分析:STRING、BioGRID

共表达网络分析:WGCNA等

拓扑结构分析:重要性

病例参数相关性分析:生存分析等

分子新旧、大小、细胞定位

生信工具墙:


3生信分析哪家强,数据挖掘找小张


学不会R语言、Python、编程?

还在为毕业文章烦恼?

申请基金还少篇文章?

没钱自己花钱测序、做芯片?

不知道用别人的数据发自己的文章?


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