掌握这个思路,发篇5-10分的文章并不会太难
虽然近些年不断有学者抨击影响因子对学术生态的种种危害,但是,在没有找到新的评价方式来衡量杂志质量之前,影响因子还是一个相对比较公正的评价方式。在大家心中,杂志的可以大致分为五个档次:3分以下的低端杂志、3-5分中低端杂志、5-10分的中端杂志、10-20分的中高端杂志以及20分以上的高端杂志。
目前大部分高校博士毕业要求是3分的SCI,可以说3分是广大博士生们的一道坎;但如果你想继续走科研道路的话,跨越5分的坎还是相当有必要的,大多数人都觉得,博士期间发表一篇5分以上的SCI相当困难,实际情况真是如此吗?其实不然,今天通过两篇文章向大家阐述只要找准思路,5-10分的文章并没有想象中那么难。
第一篇文章于2018年8月1日发表在NATURECOMMUNICATIONS(IF=12.35)杂志上,通讯作者是英国癌症研究院的Pascal Meier教授。
这篇文章讲述的主要是苏木化这种转录后修饰调控NLRP3炎症小体的活化。首先,作者通过生物信息学预测发现NLRP3蛋白可能存在苏木化修饰,为了证实这一猜想,作者在体外进行验证,通过在细胞中转染NLRP3以及sumo2/3质粒,作者发现NLRP3蛋白的确发生了苏木化修饰。
究竟是何种苏木化酶调控NLRP3的修饰呢?通过查阅文献作者发现先前已经有文章报道苏木化酶MAPL调控NLRP3炎症小体的活化,但是其机制还不清楚,因此作者就猜想NLRP3的苏木化修饰由MAPL调控。通过实验验证,作者发现MAPL能够与NLRP3相互作用并且促使NLRP3发生苏木化修饰。
接下来,作者就开始探究NLRP3的苏木化修饰位点,同样运用生物信息学方法进行预测,作者发现在NLRP3蛋白上存在一个相对保守的K689可能是被修饰的位点,通过构建不能够被苏木化修饰的NLRP3 K689R质粒进行体外苏木化实验,作者发现,当K689R突变后,MAPL将不再诱导NLRP3发生苏木化修饰,这就表明MAPL修饰NLRP3的确发生在K689位点。
第二篇文章于2013年6月27日发表在PLOS Pathogens(IF=6.158)杂志上,目前已经被引用39次,通讯作者是上海生科院的王琛教授。
苏木化这种转录后修饰参与到机体的发育的各个阶段,但是在机体的炎症反应中的研究相对较少,这篇文章主要讲述的是去苏木化酶SENP6负调TLR4介导的炎症反应。为了探究去苏木化酶SENP家族对炎症反应的影响,作者使用siRNA敲低SENP家族的各个成员后使用TNF-a刺激,发现当敲低SENP6后,NF-kb信号通路的活化明显增强。
随后,作者对这一现象的机制进行探究,通过对IKK复合体的组分IKKα,IKKβ以及NEMO进行检测,作者发现当敲低SENP6后,NEMO的苏木化修饰明显增强,而IKKα和IKKβ无明显变化,这就表明SENP6诱导NEMO去苏木化。
NEMO蛋白上的去苏木化修饰发生在哪个位点呢?为了解决这个问题,作者通过生物信息学预测发现在NEMO上有三个位点的可能性较大,分别为K139,K277,K285。随后对这三个位点进行验证,作者发现当K277突变后,NEMO将不再发生苏木化修饰
总结这两篇文章可以看到,文章所研究的思路大致相同:
(1)预测修饰的发生情况;
(2)通过敲低研究的修饰酶来确定现象;
(3)相互作用证明发生修饰;
(4)数据库预测修饰发生的位点;
(5)回补突变的质粒进行验证;
用到的实验方法也是常见的敲低,CO-IP以及生物信息学的结合。所以说只要我们找到思路,熟练运用数据库预测(下次给大家详细讲解预测网站的运用),发篇5-10分的文章也没那么难。
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