两篇science背靠背,新的研究热点或将开启
近一二十年来,我发现,不仅人们的生活节奏变快了,就连科研热点更新的速度也加快了,一个热点的保鲜期往往只有5-10年就会被淹没,虽然我们经常说将冷板凳做热才是真正的大牛,诚然,这种人的确万里挑一,但是作为一个平凡的科研工作者,或许板凳没坐热,我们自己先凉了(心里大写的尴尬),因此,如何快的察觉未来的研究热点相当重要,这其中最简单的方法就是查看主刊上经常刊登的文章类型,今天我就给大家分享两篇背靠背的science文章,或许它真的能够引领下一个研究热点。
首先为大家介绍一下研究背景,氧气对于机体的正常生命活动来说至关重要,细胞中存在的多种多样双加氧酶需要氧气来维持活性。但是在一些特殊的情况下,比如说在肿瘤微环境中,低氧的状况也是屡屡发生。有大量研究指出,低氧能够诱导细胞的多种生命活动紊乱,特别是在染色质重塑的过程中,抵抗起着至关重要的作用,但是目前其机制还不清楚。组蛋白去甲基化酶作为一类重要的双加氧酶,它是否参与低氧诱导的染色质重塑过程,目前也还未报道。
第一篇文章于3月15日发表在science杂志上,题目是《低氧诱导组蛋白甲基化以及染色质重塑》,通讯作者是利物浦大学的Sonia Rocha教授。
为了探究组蛋白去甲基化酶是否可以作为氧分子的感受器,作者使用低氧处理Hela细胞,发现细胞的甲基化程度显著增加,这暗示低氧能够诱导组蛋白去甲基化酶化。
这一过程是直接感知还是依赖于低氧诱导因子(HIF),为了探究这个问题,作者使用siRNA敲低或者使用VH298活化HIF时,发现低氧诱导的组蛋白甲基化均未受影响,这表明低氧诱导组蛋白甲基化不依赖于HIF。
接下来作者探究哪种组蛋白去甲基化酶介导细胞发生H3K4me3类型的去甲基化,先前有报道指出H3K4me3类型的去甲基化主要由JmjC包含的去甲基化酶介导,因此作者对这一类型的去甲基化酶进行筛选,通过siRNA干扰的方法敲低KDM5A,发现BNIP3L和KLF10的H3K4me3甲基化程度明显增加,但是敲低KDM2B、KDM5B、KDM5C却没有观察到相同的现象,这表明H3K4me3类型的去甲基化由KDM5A介导。
组蛋白甲基化在调控染色质重塑方面起着重要作用,既然KDM5A能介导组蛋白发生去甲基化,那它是否能够影响细胞的生命活动呢?作者使用siRNA在Hela细胞中敲低KDM5A,发现细胞增殖能量显著降低,这表明KDM5A缺陷后,组蛋白甲基化增加,导致染色质重塑,进而细胞的增殖能力减弱。
既然已经知道H3K4me3类型的去甲基化由KDM5A介导,那KDM5A是否能够作为氧分子的感受器呢?作者在使用低氧处理293细胞诱导组蛋白甲基化,随后作者补回KDM5A,发现组蛋白甲基化程度显著降低,这充分表明低氧通过抑制KDM5A的活性来诱导组蛋白发生甲基化。
第二篇文章同样于3月15日发表在science杂志上,题目是《组蛋白去甲基化酶KDM6A直接感知含氧量来控制染色体和细胞命运》,通讯作者是哈佛大学的William G. Kaelin Jr教授。
为了探究低氧对组蛋白甲基化的影响,作者在HIF1β(又称ARNT)缺失或者HIF1β失活(Δ414)的Hepa-1细胞中使用低氧进行处理,随后通过质谱进行鉴定,作者发现,在低氧的条件下,组蛋白的H3K9和H3K27两种类型的甲基化程度显著增加,并且不依赖于HIF1。为了进一步确定这个结果,作者使用WB技术进行检测,发现了相同的现象。
既然低氧通过HIF1不依赖的方式介导组蛋白发生去甲基化,那是否存在能够直接感知氧含量的去甲基化酶呢?通过动力学分析,作者发现KDM4B, KDM5A和KDM6A对氧分子具有较高的亲和力。先前有报道指出,低氧和组蛋白的H3K27甲基化在染色质重塑过程中至关重要,因此作者聚焦在H3K27甲基化类型上,而KDM6A作为典型了H3K27类型去甲基化酶,又与氧分子具有较高的亲和力,这暗示KDM6A可以作为氧分子的感受器。
为了进一步确定这个结果,通过结构分析,作者表明在KDM6A蛋白上存在氧分子的结合口袋,能够捕获氧分子。
总结这两篇文章,作者发现去甲基化酶能够作为氧分子感受器,揭示了低氧诱导染色质重塑的机理。
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