吓人！2019纯生信类SCI已1300篇，留意这几个期刊！

这是一个高校硕博生加油发文章的季节，很多院校单位答辩前要求拿着文章接收函来申请2019年秋季答辩以及2020年夏季答辩，所以每个硕博生都在抱怨：

①毕业门槛低（SCI或者分区低）的学生抱怨导师不管自己，放养，自己没思路啊！

②毕业门槛一般的学生，抱怨虽然有导师帮忙找思路，但是做不出来结果啊！

③毕业门槛高（SCI要求极高）的学生，抱怨虽然有思路，虽然也有结果，但是老板要求文章级别太高了啊！

反正总结下来就是，不管毕业要求高不高，每个硕博生都好艰难啊，但是你们有没有考虑过有一类同学更苦：

④终于达到毕业要求了，结果文章刚接收，投稿的杂志被SCI剔除了！

由于不走运论文没有按时发表延期毕业，毕竟较多的医学生以及在职的硕博生，想要在规定的3年时间内发表1、2篇SCI文章（有的规定影响因子必须3分、5分才能博士毕业），还是有一定难度的。

有一类文章发表趋势和方向：生物信息学分析+临床信息分析统计。

大师兄在Pubmed中利用一下医学相关纯生物信息学关键词统计了一下今年数据，包括“TCGA” “gene expression omnibus”+“differentially expressed” “dataset” “biomarker” “signature” “microarray” “RNA-seq” “prognosis” 等关键词，做了详细的统计，今天给大家总体做一个报告。

今天咱们对2019年上半年的“挖掘GEO、TCGA二手高通量数据”的SCI进行统计，一起寻找“生信友好的期刊”，得到以下的结果，逐年SCI文章发表趋势如下：

去年的一整年是1682篇，今年上半年就1335篇了，要死了要死了！！！

那么我们统计一下这些在2017、2018、2019年里4200多篇生信SCI，它们分布于1~40分不等（当然这里面高分文章，例如>10分大部分要增加分子机制研究），以下是按照发表数量来排序的清单。

近3年的生信SCI统计（2017、18、19）

近2年的生信SCI统计（2018、19） 

2019年的统计（按文章接收量排序）

2019年的统计（按IF排序）

其中J CellBiochem、J CellPhysiol、Mol MedRep、Sci Rep、Oncol Lett、Cancers (Basel)、Med Sci Monit、Front Genet、BMC Cancer、PeerJ对纯生信类的文章比较友好的。

这里面有多个杂志已被很多国内单位列入“黑名单”，请自己对照一下自己单位的“期刊黑名单”（当然也不要传谣），杂志敢不敢投毕竟还是要结合自己实际情况以及单位规定。

总而言之，咱们医学相关的高分的纯生信SCI分为6类：

1．多肿瘤组合的纯生信分析；

2．多组学（转录组、表观遗传组学、蛋白质组）联合分析；

3．单细胞测序数据分析：聚类分析、PCA/t-SNE降维、细胞分群、拟时分析、TCGA数据验证的创新模式；

4．临床标志物biomarker的模型建立和事件；

5．肿瘤类免疫浸润分析价值分子；

6．数据库类：处理公共数据库的数据，提供可以查询差异基因、功能解析、网络互作的功能（你可以1.0、2.0、3.0地去升级，多刷几篇文章）。

我们把＞5分的归纳如下：

文章	杂志	影响因子
Dependency of the  Cancer-Specific Transcriptional Regulation Circuitry on the Promoter DNA  Methylome.多肿瘤分析	Cell Rep	8.032
Measurement of tumor  mutational burden (TMB) in routine molecular diagnostics: in silico and  real-life analysis of three larger gene panels.多肿瘤分析	Int J Cancer	7.36
Systematic  identification of lincRNA-based prognostic biomarkers by integrating lincRNA  expression and copy number variation in lung adenocarcinoma.多组学分析
Size matters:  Dissecting key parameters for panel-based tumor mutational burden analysis.
Quantitative analysis  of somatically acquired and constitutive uniparental disomy in  gastrointestinal cancers.多肿瘤
Histoepigenetic  analysis of HPV- and tobacco-associated head and neck cancer identifies both  subtype-specific and common therapeutic targets despite divergent  microenvironments.疾病亚型	Oncogene	6.854
Examination of  Independent Prognostic Power of Gene Expressions and Histopathological  Imaging Features in Cancer.多肿瘤	Cancers (Basel)	5.326
Integrated Approaches  for the Use of Large Datasets to Identify Rational Therapies for the  Treatment of Lung Cancers.生信新角度+实验

最后，1~5分文章的大部分套路都如下：

多肿瘤类的文章无非就是在肿瘤类型、样本类型上、分子维度上叠加分析，以此类推，分数和工作量是成正比的。

生信的核心是什么？第一个问题，关于生信的文章越来越难发，任何事物的发展都是这么一个过程（简单-复杂-瓶颈-突破）简单的下点数据，复制一下代码，出几张图，然后发篇文章，这样的套路，现在比较难发文章；第二个问题，生信的作用，一个事物的作用大不大和很多因素相关，但生信给我们提供了不同的视角去看待问题，生信也基于大数据给了我们很多新的提示和思考，这些都是值得肯定的。至于单细胞测序，这个肯定是未来的趋势，因为它为我们看待细胞的异质性提供了很好的方法。

2019年单细胞测序（single-cell sequencing）的文章发表也较多，单细胞测序数据挖掘、分子机制类的纯生信分析，我们团队都可以很好滴去实现。

你有临床样本

我有生信博士

你+我=高质量分析数据

扫码备注：生信分析

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