法国基因进化专家写给石正丽的一封信
2021 年 6 月 11 日，我给石正丽发了一封电子邮件，其中列出了与 SARS-CoV-2 起源相关的重要问题清单。我没有收到任何答复。最后更新：2021 年 7 月 6 日。
亲爱的石正丽，
这些持续的时间可能给你带来了很大的压力，我想在目前的情况下情况一定非常困难。我真诚地希望你能很好地应对它。正如最近的科学信件所示，目前科学界的许多人对世卫组织-中国联合报告的结论并不满意，并要求进行更彻底的调查，以解开 SARS-CoV-2 是如何传播到人类的疑问。为了结束关于病毒可能的实验室起源的讨论，我认为澄清以下几个要素很重要。也许你可以在这个过程中提供帮助。
2012 年 4 月，在（云南）墨江的一个废弃矿山清除蝙蝠鸟粪后，六名男子感染了具有 COVID-19 样症状的严重肺炎。所有人都被送往昆明医院，最终三人死亡。2012 年，这些患者的未指明样本被送往不同的实验室，包括武汉病毒研究所（WIV）。您最近宣布WIV 再次检测了血清样本。
为什么这六名矿工在 2012 年 4 月被派往矿山清理鸟粪？谁雇了他们，把他们都送到同一家昆明医院？
为什么除了去年 11 月的《自然》附录外，WIV 的任何科学研究文章中都没有提到这些致命的肺炎病例？
从这六名患者身上采集了哪些样本并送往 WIV？这些样品中的任何一个是否仍可用于独立分析？
是否从患者样本中分离出任何类似 SARS 的冠状病毒，或者是否通过 RT-PCR 获得了任何 RdRP 或刺突序列？
是否可以向世卫组织提供三名幸存矿工的血清样本，以便更好地了解这些矿工在何种情况下生病以及他们的确切病理是什么？
你说武汉病毒所病毒数据库在大流行期间下线。然而，关键的蝙蝠病毒数据库于 2019 年 9 月下线，距离正式爆发日期还有三个月。
您能否提供有关数据库关闭原因的更多详细信息？
是否可以与选定的专家科学家共享截至 2019 年 9 月的所有数据库？
2020年年中，对应中文期刊网站“中国科学数据”将描述关键数据库（数字对象标识符：10.11922/csdata.2019.0018.zh）的科学论文下线的原因，您是否有任何信息？
您是否知道，甚至描述数据库的“中国科学数据”的完整网站在 2021 年 3 月至 4 月也无法访问？
2013 年在墨江矿采集的蝙蝠冠状病毒（“RaTG13”）是一种与 SARS-CoV-2 关系最密切的病毒。2020年7月在接受科学采访时，你说：“Ra4991”更名为“RaTG13”，该病毒并不是孤立的，并且“没有更多的样本”，所以没有进一步的排序是可能的。不幸的是，根据提供的原始数据，无法组装RaTG13 基因组序列。
RaTG13 基因组序列是如何组装的，5' 端序列是如何确定的？
正如附录似乎表明的那样，您的文章是否将“Ra4991”重命名为“RaTG13” ，或者这两种病毒在某些区域（例如刺突蛋白）上是否存在差异？
RaTG13 样品何时完全耗尽？
为什么一些RaTG13 扩增子的 日期为 2017 年 6 月，并命名为“7896”，这是在同一个矿井中收集的另一种密切相关病毒的名称？
由于行数据包含低水平的细菌序列，RaTG13 是从支气管肺泡灌洗液中采样还是从蝙蝠粪便中采样？
鉴于 RaTG13与蝙蝠受体 ACE-2 的结合较弱，并且仅与Rhinolophus affinis的 ACE2 直向同源物之一结合，那么 RaTG13 是否是 WIV 于 2013 年收集的样本 BtCoV/4991 的真实全基因组序列？
WIV 或任何其他实验室是否曾尝试通过从合成基因序列组装 RaTG13 或任何其他冠状病毒来重建它们？
SARS-CoV-2 基因组的一个显着特征是弗林蛋白酶裂解位点的存在。该站点在您 2020 年 1 月的出版物中被标记为“裂解站点” 。
为什么这个所谓的“弗林蛋白酶裂解位点”显然是 SARS-CoV-2 病毒的一个重要而新颖的特征，却没有在您 2020 年 2 月的《自然》出版物中提及？
你承认分离了三株与 SARS 相关的活冠状病毒，但根据其活病毒分离株的 WIV 命名约定，WIV 似乎没有披露两个潜在的分离株，WIV6（不是 WIV06）和WIV15，因为没有提到这些名称在文献中。
这些隔离存在吗？如果没有，为什么在系列中跳过这些隔离名称的解释是什么？
中国当局表示，武汉实验室的所有工作人员的 SARS-CoV-2 抗体检测均呈阴性。
有多少人接受了测试，在哪些武汉实验室，在哪天，以及作为这些实验室内哪些团队或服务的一部分进行了测试？
是否保留了这些血清样本？
独立的国际调查员是否能够重新测试实验室工作人员的样本以确认结果？
您之前写道：“最近我们测试了实验室所有教职工和学生的血清，没有人感染蝙蝠 SARSr-CoV 或 SARS-CoV-2。迄今为止，我院全体教职工和学生“零感染”。鉴于当时 WIV 有超过 590 名教职员工和学生，并且大约 4.4% 的武汉城市人口检测呈阳性，因此这种说法在统计上不太可能（大约不到十亿分之一）。即使只检测了 85 人，没有检测呈阳性的几率仍然低于 4%。
如何解释这种意想不到的观察结果？
是否有可能获得更多关于 2019 年底生病的“一两个”WIV 工作人员的信息，正如世卫组织-中国联合代表团的一名成员所提到的那样？
最近，您发表了一份预印本，介绍了2020 年 11 月Nature's Addendum中提到的 8 种冠状病毒。
预印本表明，包括 RaTG15 在内的这 8 种新型冠状病毒构成了来自蝙蝠的 SARSr-CoV 的新谱系：“我们报告了对包括 RaTG15 和其他七种病毒在内的 SARSr-CoV 新谱系的鉴定，形成了蝙蝠”。这种识别究竟是什么时候发生的？
您是否确认于平的 MS 论文“蝙蝠 SARS 相关冠状病毒的地理进化”（2019 年 6 月）中系统发育树（图 3.1）中称为“谱系 4”的谱系与8 种新型冠状病毒？
预印本提到这 8 种病毒是在“我们在 2015 年发现 RaTG13 的同一地点”收集的。为什么没有提到 2012 年发生在同一地点的墨江矿爆发，这是了解您研究背景的重要信息？
预印本声称，与来自穿山甲的 SARSr-CoV-2 或某些 SARSr-CoV-1 谱系相比，蝙蝠 SARSr-CoV-2 谱系或迄今为止发现的新谱系中的任何已知病毒都没有有效地使用人类 ACE2：“我们表明与来自穿山甲的 SARSr-CoV-2 或某些 SARSr-CoV-1 谱系病毒相比，蝙蝠 SARSr-CoV-2 谱系或迄今为止发现的新谱系中的任何已知病毒都没有有效地使用人类 ACE2。” 为了支持这一说法，是否可以分享您所在研究所存在的未发表病毒的完整列表，以及与它们相关的原始数据和实验记录？
这 8 种新病毒是否仍保留在您的研究所中，处于什么状态，如果它们在物理上可用，是否可以提供给其他研究人员？
能否澄清一下预印本中使用的Bat Ra ACE2序列MT394204是否来自同一个墨江矿？
你怎么解释这八种病毒几乎完全相同？您如何解释每个序列在 7 次访问中只发现一次？这不是和你在晋宁洞纵向研究中发现的“丰富的基因库”相矛盾吗？您是否重新测试了所有 1,322 个样本？
你能提供8种病毒的原始测序数据吗？
为什么这 8 个病毒序列与之前提交给 NCBI Genbank 以发表 Latinne 等人的版本相比，其 RdRp 序列显示出一些核苷酸变化？纸？你能解释一下当时和现在采用的方法吗？
这些病毒的命名有些混乱：在您实验室的 2 个不同演示文稿的幻灯片中，它们被标记为 Ra 或 Rs。你能确认感染了这种病毒的蝙蝠种类吗？RaTG15 是在一种蝙蝠物种中发现的，而极其接近的病毒来自另一种蝙蝠物种，这难道不令人惊讶吗？基于 COI 序列的蝙蝠物种分配是否存在问题？
带着我最诚挚的问候
维吉妮
2021 年 6 月 11 日
法国巴黎大学，雅克莫诺学院（Institut Jacques Monod - CNRS UMR7592 - Université de Paris ）的基因进化研究专家Virginie Courtier。
此信英文版原文地址：
https://virginiecourtier.wordpress.com/e-mail-to-zls/
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真话比好话更好
溥天之下，莫非王土；率土之滨，莫非瓜民
这个瓜还不错🍉
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