【直播】我的基因组 40：不同lane的bam文件的比较

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开，前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools，它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开(因为本身测序文件就是多个，比对后merge的bam)命令如下：

~/biosoft/bamtools/bamtools/bin/bamtools split -in ~/data/project/myGenome/bamFiles/P_jmzeng.final.bam -tag RG

从输出的bam文件的大小，就知道每条lane的上样量不一致。

还是老规矩，先统计平均测序深度及覆盖度，还有测序深度累积曲线。脚本还是用得前面讲到的那些，我就不具体细讲了：

根据结果，统计在excel可以看到：

它们的各种指标都取决于数据量的多少，没有lane的偏好性，证明数据质量比较好。

同时把bw文件打开，看看全基因组尺度的测序深度分布：

从测序是pattern上来看，也出奇的一致：

也反应了我的样本在不同的lane中表现比较好，没有出现lane的差异。

文：Jimmy、阿尔的太阳

图文编辑：吃瓜群众