北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

最近看单细胞相关文献比较多， 所以朋友们也开始帮我留意相关的进展了，其实单细胞本身只是一个测序技术，可以利用在不同的组学研究里面，目前就是转录组和基因组的测序应用单细胞技术比较多。

其中基因组的单细胞之前比较流行的是3种单细胞扩增技术MDA,MALBAC, DOP-PCR，全称分别如下：

degenerate oligonucleotide– primed polymerase chain reaction (DOP-PCR)

Multiple-displacement amplification (MDA)

Multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC)

其中，MALBAC就是北大谢晓亮组开发的，今年(2017)的3月，他们又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法，Transposon Insertion (LIANTI)

主要就是设计了一个叫做LIANTI transposon的东西，本质上就是个转座子(含有Tn5)，可以随机插入到基因组的任何地方，但是它有一个小特点，就是自带T7 promoter，这样被LIANTI transposon插入的片段都可以被转录啦！

Genomic DNA fragments tagged by T7 promoters are linearly amplified into thousands of copies of RNAs through in vitro transcription, followed by re- verse transcription and second-strand synthesis into double-stranded LIANTI amplicons ready for DNA library preparation.

(PS:建议大家阅读原文，我翻译的可能不好，公众号后台回复文章就可以获得原文。)

优点杠杠的，首先只对一个原始DNA分析进行不停的转录，这样扩展是线性的，避免指数扩展！其次不同的转录，错误是随机的，可以数据分析的时候过滤，而指数扩展会导致前提扩增随机的错误被局部放大，看下面的示意图就明白了。

原始数据是可以下载的，都在SRA数据库里面 

www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP102259. 

你们感兴趣可以重复一下。

没有服务器就不要凑热闹了，这个数据好几个T，比你电脑硬盘还要大。

刚才那个LIANTI单细胞文章做的数据挺多的，针对同一种正常二倍体人类细胞(BJ cells，就是skin fibroblasts)不仅做了自己的LIANTI方法，还做了以前广受认同的3种单细胞扩增技术MDA,MALBAC, DOP-PCR，当然，还有bulk细胞测序。而且为了测试自己的技术，还把BJ cells暴露在不同剂量的紫外线照射下，看看突变增加的情况。而且为了看多倍体情况，特意选择了BJ cells在S有丝分裂期的来测序。

而且一口气测了 11个S有丝分裂期的BJ cells，数据分析说明他们找CNV的分辨率更高！

当然，我还是建议大家看原文，其实我只是想推荐这篇文章给大家，不想做翻译，好好读文献吧！（公众号后台回复文章就可以获得原文）

哦，忘记说了，我们生信技能树论坛也有单细胞这个板块，我最近会分享几十篇文献阅读笔记在上面，当然，其实已经有一些优秀帖子了，欢迎去围观，点击下面的阅读原文就可以看到一个比较赞的。