生信编程直播第11题：把文件内容按照染色体分开写出

问题描述

这个需求很常见，因为一般生物信息学数据比较大，比如sam，vcf，或者gtf，bed都是把所有染色体综合在一起的文件。
如果想根据染色体把大文件拆分成小的文件呢？
比如：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt

这个文件里面的基因就有染色体信息，那根据染色体把这个文件拆分成1~22和其它染色体，这样的23个文件，我

练习题

如果你觉得下载文件比较麻烦，我给你一个测试数据如下：

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10

chr2    43995310    43995986 chr17   49788603    49789067 chr17   59565573    59566163 chr19   8390308 8390745 chr12   49188033    49189033 chr7    974903  975570 chr7    98878532    98879500 chr7    44044672    44045322 chr1    153634052   153634772 chr11   60905850    60906575

给出示例perl代码如下：

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

use FileHandle; foreach( 1..22 ){     $normal_chr{"chr".$_}=1 ;     open $fh{"chr".$_},">chr$_.txt" or die; } open other,">chr_other.txt" or die; open FH,'a.bed'; while(<FH>){     chomp;     @F=split;     if(exists $normal_chr{$F[0]}){          $fh{$F[0]}->print( "$_\n" );     }else{         print other $_;     } } foreach( 1..22 ){     close $fh{$_}; } close other;

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