解惑帖：我可能测了一个假的全基因组

长期身处NGS后端处理数据的生信分析者，一定会常常为无法解释的数据现象困扰，比如健明兄“我的基因组48：我可能测了一个假的全基因组”中提到，他的基因组居然call 出了辣么多X染色体杂合位点！这个发现困扰到了这位汉子一阵子。

哈哈哈哈港真，我也经常在人的序列里blast到鼠啊果蝇啊真菌啊之类的序列。但是，怎么解释嘛，

听楼下评论区一片嚷嚷找测序公司算账，作为爱折腾星人，跑数据的我挽起袖子亲自建了个库，找到了可能的原因。（危险动作，请勿模仿，建议五年以上生物学实验经验）

首次建库，我拿到的样品是 pig sperm RNA。 到手样品浓度极低接近pg级别, 于是采用了KAPA mRNA Hyper Prep Kit. 我刚转行就拿到这种高难度样品，心情也是略不爽，直来直往质问咋不好好提样本呢，BOSS请我脑补当事人猪采精的画面，很好，我没什么好抱怨了，见面就来个拥抱吧，大兄弟忒不容易了。

建库的步骤如图所示。

个中经历不在此文赘述，经历十几个小时的建库，成功建成质量满意能够上机测序的样本，BOSS用Qubits复查了所制样本浓度，当下就给批了半天假。

事后得知，敢情是从没玩过如此低浓度的样本，我的初次尝试就不小心来了个飞跃。 BOSS您真敢，这玩得有点大。

次日，上机测序预计需要花两天时间，我从头到脚地保养了一遍NextSeq大宝贝，准备上机测试，BOSS果断拦截：

--  建好的库-20°C一边候着，再建几个果蝇的。

-- 果！果蝇！ OK， 麻溜地建好了，BOSS咱们上机吧；

-- 继续攒着，再建几个大肠杆菌的DNA库，一起上！

-- D!! DNA!!！ 我读书少你别骗我，不同物种一起跑能理解，DNA和RNA一起跑，我智商就不在线了。

-- 呵呵呵，可以呢，最多24库/run。

装入文库的上样口虽然是一次性的，但有且只有一个，如下图。我将要把猪果蝇大肠杆菌的RNA或DNA文库注入同一个口，虽然有不同的adaptor区分文库，但是出来后的数据分析中，奇怪的物种序列乱入也是极有可能的。 

薄荷姐

健明兄，其实你很幸运啊，并没有在自己的基因组里看到非人类物种 。

来个小建议：大家若想要测序，不如同性组团，24名同性开团，至少乱入的序列会是自己人的。

以上，我是薄荷姐，认真严肃地科学着。

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