生信培训学员请注意
距离上次发学员招募通知已经过去3天了,其实当天就满员了,又花了两天时间来劝退其他有意向的朋友,虽然很想很想把自己所学亲自传授给大家,但真的真的分身乏术。
Jimmy带你二天二夜撞破生信初学者的大门 (点击查看招募帖)
能开本次线下培训也是机缘巧合,很多朋友在招募帖下面留言要我去北上广深,乃至全国各省市,为了不伤粉丝的心,我都回复的很模棱两可。
尽量吧······
本次顺利报名的学员请注意,下周六日(10月28,29)正式开始线下培训,请务必注意好地址及时间,并且联系好负责人,按照下面要求接受指导做好一定的准备工作。
电脑要求
需要自带电脑(同时,我们也会提供训练服务器),基本配置是8G内存+0.5T硬盘,系统可以是ubuntu等linux系统,或者Windows里面安装虚拟机,或者 MAC,并且一定要安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git或者同等功能的软件:
下载并且安装好perl https://www.activestate.com/activeperl/downloads
miniconda https://conda.io/miniconda.html
R https://cloud.r-project.org/
rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Xshell https://www.netsarang.com/products/xsh_overview.html
winscp https://winscp.net/eng/docs/lang:chs
Windows10系统可以直接启动ubuntu,自行搜索教程如何开启,如果是低版本的Windows系统,自行搜索教程安装虚拟机。当然,这些安装如果搞不定,我们会在学员微信群答疑,请联系负责人申请加入即可。(培训时间需要珍惜,准备工作务必做好,我们会负责到底,尽管联系我们哈)
linux系统的熟练
(去可视化概念+练习) 了解 命令+参数+文件 的模式
基础知识:cd -, cd .. , cd -, history, !5 , /home/ , /tmp/ , >,&,jobs,nohup 1,2,0
文件目录操作:ls,cd,pwd,mkdir,rm,mv,cp,touch,head,tail,less,more
系统管理: df,du,top,free,ps,ipconfig,netstat,ssh,scp,
用户权限:chown,chgrp,groups,ls
文本操作:awk,grep,sed,paste,cat,diff,wc,vi
使用腾讯云实验室的linux服务器:https://cloud.tencent.com/developer/labs/lab/10000
生信软件安装及使用
(官网,例子,conda)
多版本软件发布:NCBI的 blast以及sratoolkit 等等
二进制软件(预编译版本):下载即可使用
C源码软件:官网,readme,安装,解决配置文件及报错
系统软件中心:ubuntu的用apt-get,centos的用yum,macOS的App Store或者brew
成熟的软件管理中心:conda
保证一个纯粹的新手,生物学的本科生,经过3个小时的折腾,达到熟悉linux的命令行界面,学到软件的安装及管理的方法。为组学实战演练打下基础。
上面只是1/4讲义大纲,提前放出。后面的讲义详稿我们会已书籍的形式打印出来给学员。
下面的思维导图大家可以点击放大,先欣赏一下。