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人类研究中的管家基因

jimmy 生信技能树 2022-08-10

人类研究中的管家基因

定义我就不多说了,不懂的自行去搜索了解。

早在2003年,Su et al. 等人就发表了文章List of housekeeping human genes derived from the article "Human Housekeeping genes are compact 收集了常见的可以在real-time PCR实验当做对照的管家基因集合,基于表达芯片值来判定的。

详细列表在:http://www.tau.ac.il/~elieis/Housekeeping_genes.html

*NM_001101        actin, beta (ACTB), mRNA      6988
*NM_000034        aldolase A,fructose-bisphosphate (ALDOA), mRNA         3425
*NM_002046        glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPD), mRNA         828
*NM_000291        phosphoglycerate kinase 1 (PGK1), mRNA          2727
*NM_005566        lactate dehydrogenase A (LDHA), mRNA            2105

很明显可以看到,大家耳熟能详的 GAPDH,ACTB都在其中,很好。

但是在2013年,E. Eisenberg and E.Y. Levanon等人对管家基因列表进行了修正,发表文章:Human housekeeping genes revisited ,这个时候是基于RNA-seq数据来判定的,选取那些基因在人体类不同的细胞组织表达模式都比较统一的基因。其实可以用GTEx数据库来进行这个探索,可以把它再修正一波。

完整列表见:https://www.tau.ac.il/~elieis/HKG/HK_genes.txt  还包括这些基因的外显子信息:https://www.tau.ac.il/~elieis/HKG/HK_exons.xlsx  都是可以下载自行探索的。

不够,吊轨的是,作者推荐用来做实验的PCR control genes我竟然一个都不认识,唉,尴尬的是以前熟知的GAPDH,ACTB居然被剔除掉了。
呵呵哈哈哈

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