我与生信技能树的故事

jimmy

生信技能树联盟创始人

本文是《诚邀您加盟，生信技能树》发出后收集到的故事之一，如果你也有故事，不妨一起分享。

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健明，

　　您好！我叫周伟，上海交通大学在读博士，参加过您组织的线下活动两次。最近看到《诚邀您加盟，生信技能树》的帖子，我也希望能出一份力。这里我也来说说我与生信技能树的故事吧。

　　我硕士是在武大遗传系研究杂交水稻，暑假的时候每天五点下地做杂交，晚上6点多才回去，一年泡在田里的时间有一半。

　　硕士毕业，我想换个方向，去研究人类遗传学吧，于是就来到了上海交通大学继续攻读博士学位。

　　15年来到了新的课题组，开始接触到人类的测序数据，真是一头雾水。后来在网上搜到生信菜鸟团的博客，跟着您的博客一点点学习基础知识。然后二年级手里有了一批安捷伦捕获测序的数据，于是尝试着自己分析。那时候真是什么都不懂啊，装一个软件能装一个星期，所有的流程都是自己在网上找资料学习参数怎样设置，怎样运行程序。但是也是在这个过程中，我感觉逐渐入门生信，知道生物信息学是什么。后来我欣喜的发现你建立了生信技能树，于是我就把自己的分析流程发到了论坛（本人的捕获测序数据分析代码，http://www.biotrainee.com/thread-463-1-1.html如有错误请大家提出建议），还被管理员设置为精华帖，这大大加强了我的自信心。

　　在这之前，有一次你来到上海，希望组织大家一起交流，于是我就报名了，和大家一起参观了上海中科院，并认识了几个同行，与大家交流的过程中，很多术语我听不懂，于是我意识到自己要学习的地方还有很多。后来你又组织了一次线下讲解外显子测序分析，我感觉机不可失呀，于是又去交流了一下，感觉当时记住的不太多，毕竟没有基础。散会后还记得你请我和另外的同学吃了一顿饭，所以至今还欠你一份情啊哈哈。回来后按照你的流程跌跌撞撞的跑了一遍，也算入门外显子分析了吧。后来，实验室有一批外显子的数据，我按单个的流程分析下来，对这个流程也算比较熟悉啦。但是实验室与另外一个公司合作，公司的技术人员开发了一整套的外显子自动分析脚本。这让我意识到什么是pipeline。也觉得自己的基础知识很差，因此每天尽量挤出时间去学习基础知识。后来课题需要分析甲基化数据，正好看到论坛有甲基化的教程，欣喜之下去翻了原文档，并翻译了一份，放在简书上（ChAMP 包分析甲基化数据-点击文末阅读原文直达）。

　　转眼接触生信有两年多了，期间参加了您组织的编程小组学习，转录组分析，甲基化分析等，笔记分散在有道云（主要），简书，论坛等，后续我会注意系统的整合笔记到一个平台。由于实验室课题紧张，期间写了三篇小文章，很遗憾有些学习小组没有坚持下来。最近又跟着小洁啃r数据科学，相信自己一定能坚持下去。目前感觉自己还站在生信技能的门口，希望在生信技能树上能学到更多，我也会添砖加瓦，希望让技能树茁壮成长。

（偷偷提醒作者本文由小洁排版）

　　前几年国内的生信人员主要是测序公司老手带新手，或者是一些学校开设的生信专业。最近几年由于您的生信技能树的影响，自学生信的人也开始多了起来。目前国内的生信公司要末提供普适的分析流程，要末搭建云平台，或者给客户提供一体机，这些尝试方便了国内的非生信科研工作者，但是个性化的需求还难以保障。很佩服建明以一己之力改变整个行业。之前在您的博客上看到您的最终目标为建立一个联盟，联盟的每个人都可以自由的选择项目，我很喜欢这种理念！未来大部分公司可能就会以这种联盟的形式存在，低级的工作由人工智能去做，人类主要做个性化的服务了。

　　整个行业的繁荣，需要国内有大量的技艺精湛的生信从业者。很高兴目前技能树已经在开始行动了！随着生命科学的发展，产生的数据越来越多，生命科学必将数字化，与大数据人工智能交互产生更多改变人类命运的成果，这需要大家的技能一步步从菜鸟-初级-中级-到高级的转变，从大学寻觅到现在，目前又快到而立之年，我觉得也许这就是我能作为一生去做的事情，希望自己能在这个过程中不断提高，为最终目标的达成贡献自己的微薄之力！

周伟

上海交通大学bio-x研究院

2018.09.25

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