（重磅！价值一千元的R代码送给你）芯片探针序列的基因组注释
这是我第二次在标题上写重磅！价值一千元的代码，虽然下面的技能或者说代码对我来说是非常简单啦，但是在有需求的粉丝看来真正的价值不可估量。
第一次是：TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案
纯粹的R代码技巧，怕粉丝看不懂，我已经花了一个星期做铺垫：
前面我提到过有些芯片，各种地方都是找不到其设计的探针对应的基因的，但是探针序列一般会给出，比如：
Human LncRNA Expression Array V4.0 AS-LNC-H-V4.0 20,730 mRNAs and 40,173 LncRNAs 8*60K
以前我会简单的回答，其实就是芯片探针的重新注释，重点是
probe sequences 探针序列下载
uniquely mapped to the human genome (hg19) by Bowtie without mismatch. 参考基因组下载及比对
chromosomal position of lncRNA genes based on annotations from GENCODE (Release 23)坐标提取，最后使用bedtools进行坐标映射
三部曲罢了，不过感觉会linux的朋友不多，我还是用R来一波这个操作。
首先下载序列
这里我选择在GEO官网的GPL平台下载 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL21827
rm(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~
options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小，检查数据
f='GPL21827_eSet.Rdata'
library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
gset <- getGEO('GPL21827', destdir="." ) ## 平台文件
save(gset,file=f) ## 保存到本地
}
load('GPL21827_eSet.Rdata') ## 载入数据
class(gset)
length(gset)
gset
colnames(Table(gset))
probe2symbol=Table(gset)[,c(1,4)]
all_recs=paste(apply(probe2symbol,1,function(x) paste0('>',x[1],'\n',x[2])),collapse = '\n')
temp <- tempfile() ## 编程技巧，把变量写入临时文件~
write(all_recs, temp)
这个技巧我在生信菜鸟团博客发布过：http://www.bio-info-trainee.com/3732.html 芯片概况如下：
然后对人类的参考基因组构建索引并且比对
主要是参考基因组下载会耗费时间，还有构建索引耗时也很可观！
library(Rsubread)
# 推荐从ENSEMBL上面下载成套的参考基因组fa及基因注释GTF文件
dir='~/data/project/qiang/release1/Genomes/'
ref <- file.path(dir,'Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa')
buildindex(basename="reference_index",reference=ref)
## 是单端数据，fa序列来源于上一个步骤输出的gpl的探针
reads <- temp
align(index="reference_index",readfile1=reads,
output_file="alignResults.BAM",phredOffset=64)
propmapped("alignResults.BAM")
构建大约耗时一个小时，具体如下：
比对速度很快，因为探针序列只有6万多，如下：
在linux下得到比对后的bam文件也很简单的。
读入人类基因组注释文件
也是需要一点点R技巧，可以参考我在生信菜鸟团的博客：http://www.bio-info-trainee.com/3742.html 使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件
library(Rsubread)
# 推荐从ENSEMBL上面下载成套的参考基因组fa及基因注释GTF文件
dir='~/data/project/release1/Genomes/'
gtf <- file.path(dir,'Homo_sapiens.GRCh38.82.gtf')
if(!require(refGenome)) install.packages("refGenome")
# create ensemblGenome object for storing Ensembl genomic annotation data
ens <- ensemblGenome()
# read GTF file into ensemblGenome object
read.gtf(ens,useBasedir = F,gtf)
class(ens)
# counts all annotations on each seqname
tableSeqids(ens)
# returns all annotations on mitochondria
extractSeqids(ens, 'MT')
# summarise features in GTF file
tableFeatures(ens)
# create table of genes
my_gene <- getGenePositions(ens)
dim(my_gene)
# length of genes
gt=my_gene
my_gene_length <- gt$end - gt$start
my_density <- density(my_gene_length)
plot(my_density, main = 'Distribution of gene lengths')
## 重点是要成为对象
library(GenomicRanges)
my_gr <- with(my_gene, GRanges(seqid, IRanges(start, end),
strand, id = gene_id))
如果是linux的shell脚本，一句话就可以搞定其实。
坐标映射
把自己制作好的bam文件的坐标，跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来，使用GenomicRanges包自带的函数即可。
值得注意的是把bam文件读入R，并且转为grange对象需要一点点技巧，我在生信菜鸟团博客写过：http://www.bio-info-trainee.com/3740.html
library(Rsamtools)
bamFile="alignResults.BAM"
quickBamFlagSummary(bamFile)
# https://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/html/Rsamtools.html
bam <- scanBam(bamFile)
bam
names(bam[[1]])
tmp=as.data.frame(do.call(cbind,lapply(bam[[1]], as.character)))
tmp=tmp[tmp$flag!=4,] # 60885 probes
# intersect() on two GRanges objects.
library(GenomicRanges)
my_seq <- with(tmp, GRanges(as.character(rname),
IRanges(as.numeric(pos)-60, as.numeric(pos)+60),
as.character(strand),
id = as.character(qname)))
gr3 = intersect(my_seq,my_gr)
gr3
o = findOverlaps(my_seq,my_gr)
o
lo=cbind(as.data.frame(my_seq[queryHits(o)]),
as.data.frame(my_gr[subjectHits(o)]))
head(lo)
write.table(lo,file = 'GPL21827_probe2ensemb.csv',row.names = F,sep = ',')
当然，坐标映射本身也是满满的R技巧啦。
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