Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢

本来以为给参加 生信技能树（爆款入门培训课） 的学员们安排，指导做完了 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 准备工作，上课就问题不大。

实际情况是，每次都会发现一些很有意思的小问题，主要是计算机相关设置问题。

首先是R包下载很慢的问题

这个需要批评了，我在周末班准备工作里面写的很清楚，切换镜像，如下，可以下载任何包

rm(list = ls()) 
options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)

如果压根就下载不了，可能是网络的问题，或者是下载设置的问题，包括http和https的区别，下载协议的区别。

然后强调一下，新手请务必经常通过下面这样点击rproj文件方式来打开自己的电脑的Rstudio。

打开R脚本的中文乱码问题

很多初学者友好型代码里面都是有中文注释的，所以大家拿到这样的代码然后使用自己的电脑的Rstudio打开就会不小心看到乱码，当然是有解决方案的。

之所以有乱码其实是因为Rstudio开发者及其公司都是欧美人，英文为主，对中文的友好度没那么强，我一直在思考，会不会泰文和印度语那边的学生使用Rstudio会更麻烦，有机会去泰国一定要去他们网吧试试看这个Rstudio好用不。

设置RStudio文本显示的默认编码

其实就是4个步骤：

• RStudio菜单栏的Tools -> Global Options

• 在配置界面选择code下面的saving的 默认编码格式

• 在弹出的编码中，选择UTF-8编码。

• 点击OK，然后再点击OK，保存设置。

最后，在打开R代码文件的时候，选择File -> Reopen with encoding菜单，就可以选择我们使用UTF-8编码打开文件，这样子就可以正确地显示中文了。

R绘图失败

主要是因为不少人的Windows电脑用户名是中文，所以使用Rstudio会出现奇奇怪怪的错误。深层次原因是Rstudio在运行的时候会创建一些临时文件，这些临时文件默认是放在你的C盘里用户名下的一个文件夹里，由你电脑里面的TEMP这个环境变量指定。需要修改它, 比如修改为D盘。

首先查看环境变量，先点击控制面板里面的高级系统设置

然后在高级里面寻找环境变量按钮如下：修改后如下：

这样问题就解决啦。

R下载包失败

首先看看电脑是否联网，然后看看R能否真的能够下载数据，测试代码download.file进行文件下载：

 download.file(url = "http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2019/02/heatmap.jpg",
              destfile = "heatmap.jpg")

发现无法直接下载内容，证明R在连接网络时出现了问题，需要修改R访问网络的方法为libcurl, 代码如下：

options(download.file.method="libcurl")

GEOquery下载数据失败

以前在菜鸟团写过教程：GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办 不再赘述。

GEOquery下载表达矩阵缺样本名

以前在菜鸟团写过教程：要读源代码才能解决的报错-GEOquery下载表达矩阵缺样本名 不再赘述。

最后一个小广告

如果你觉得我推文信息量太大，而且有点简略，我们也有视频指导大家如何克服这些报错， 发布在B站，链接直达：https://www.bilibili.com/video/av26077409 （请自行复制粘贴此链接去浏览器打开）

当然，如果你迫不及待想了解更多生信必修课之软件安装的课程，也可以直接购买学习，链接是：https://ke.qq.com/course/310838 （文末阅读原文可以直达）