100篇泛癌研究文献解读之磷酸化相关点突变

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/  为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

本研究发表在： Sci Rep. 2013 Oct  ，文章是：The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer. 同样是(TCGA) pan-cancer 数据集 的3,185 genomes and 12 cancer types，重点关注于 Phosphorylation-related SNVs (pSNVs)

本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

使用ActiveDriver算法来找驱动基因

实际上发表于Sci Rep. 2013 Oct  的研究使用了4个算法 (MuSiC, Onco-driveFM, OncodriveCLUST and ActiveDriver)  应用到了TCGA计划的12个癌症的三千多病人数据。而本文只是用了ActiveDriver而已，

pSNVs相关基因的通路

全文就这个图看起来很酷炫。

后记

本研究并不复杂，也很容易复现出来， 主要就是发表的比较早，从有个很简单的角度，就是Phosphorylation-related SNVs (pSNVs) 来探讨，同样的道理，大家都可以探讨自己熟悉的生物学现象。

当然了，如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究，那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献！

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

   TCGA教程长期更新列表   

• TCGA的28篇教程-使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）

• TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本）

• TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 （FireBrowse portal）

• TCGA的28篇教程-批量下载TCGA所有数据 （ UCSC的 XENA）