都不知道自己还有一本生物信息学的书
不知不觉两年多过去了,最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划,其中一个小成果是:生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策了我一年多,还没有把它整理成为出版级别的质量,我也不知道为什么也不知道问题出在哪里。(总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了,我也很无语)
前言
致谢
作者简介
1 数据产生
1.1 芯片技术
1.1.1 三大芯片制造商
1.1.2 表达谱芯片
1.1.3 基因分型芯片
CNV芯片
1.1.4 甲基化芯片
1.1.5 miRNA芯片
1.2 一代测序技术
1.3 二代测序技术
1.3.1 NGS先行者:454及其序列数据
1.3.2 渐行渐远:SOLiD及其序列数据
1.3.3 一家独大:illumina 及其数据
1.4 2.5代测序:Ion Torrent
1.5 三代测序
1.5.1 异军突起的pacbio
1.5.2 长到天际的Nanopore
2 数据存放类型
2.1 FASTQ
2.2 FASTA
2.3 SAM格式
2.4 BAM 格式
2.5 VCF
2.6 GTF和GFF
2.7 GenePred
2.8 BED
2.9 MAF
其它格式
3 生物信息学数据库资源
3.1 基因ID
3.2 参考基因组版本
3.3 NCBI
3.4 Ensembl
3.5 UCSC
3.6 ENCODE
3.7 GENCODE
3.8 TCGA
3.9 1000 GENOME
4 统计及可视化
4.1 描述性统计量
4.2 概率相关
4.3 估计
4.4 相关性分析
4.5 第五节 常用统计方法
4.5.1 差异分析
4.5.2 生存分析
4.5.3 主成分分析
4.5.4 进化树
4.6 常用可视化工具
4.6.1 在线工具
4.6.2 R绘图系统
4.7 可视化举例
4.7.1 表达矩阵可视化大全
4.7.2 转录本结构图
4.7.3 reads覆盖图
4.7.4 其它
5 计算资源及编程
5.1 硬件配置
5.2 软件安装
5.2.1 二进制软件(预编译版本) {soft-binary}
5.2.2 源码软件 {soft-source-code}
5.2.3 系统自带软件中心 {soft-repositories}
5.2.4 conda软件管理 {soft-conda}
5.2.5 语言类软件(模块、包) {soft-packages}
5.3 环境变量
5.4 编程语言
linux的shell
R
perl
python
R包安装终极解决方案
perl模块终极解决方案
Python包安装的小结
6 生物学基础知识
6.1 中心法则
DNA 与 复制
RNA 与 转录
蛋白质基础
6.2 组学
基因组
转录组
表观组
微生物组
蛋白质组
代谢组
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