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2019九月学徒的年度总结(与生信技能树的两次擦肩而过)

小豆包-九月学徒 生信技能树 2022-06-07

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我本在摸鱼




16年进入纯湿实验室,经过半年的实验学习和文献阅读(学习各种实验和养老鼠)后,有天老板问我:“来了时间不短了,技术我看学的也可以了,做自己的题吧”。大喜之下,问:“我做什么题啊老板?”,答:“肿瘤微环境”;再问:“老师您看能具体点不”,答:“免疫”。(很佛系)


于是去找师兄求助:“老师给的范围太大不好把握,如何筛能做下去的基因”,答:“多看论文,把相关论文都看了整理一下你就有所把握了”。


理智告诉看论文找自己的题并不靠谱(虽然日后才对论文有了更深的体会,还是要多看):

1.找课题必须在有限时间完成

2.论文多且杂,研一狗并不能准确定位目标文献,且英语捉急阅读速度感人

3.能让我做的题必然不是世界首创,肯定有核心基因的list

于是我搜索的关键词由“肿瘤微环境”、“免疫”、“实验”转变为了“基因集”、“富集”、“网页工具”。DAVID、KOBAS、GRO2R等让我如获至宝,生信技能树曾多次出现然而我并不在意。

毕竟只是想缩小范围找个基因做实验,你却让我写代码?!


最终我筛选到了一些基因,老板认可后正式开始实验,生信就此搁置



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前往珠海


17-18年实验室开始搬迁,实验被迫中止将近一年,做过实验的筒子们应该懂得重新搭建起实验平台的艰辛,从超纯水机到CO2钢瓶甚至到实验室电路和装修,都是老板领着我们一手操办。于是面临了一个重大问题,我该怎么发论文毕业?


于是又想起了生信,开始在网上广买课程,课程贵的一门大几千,但比起做实验买试剂依然毛毛雨,这时候生信技能树依然不在考虑范围,自学不可怕,时间很可怕,我就想毕个业,你却想让我学编程?


18-19年论文灌了,毕业了,读博。在撰写论文的时候发现自己虽然有了结果水了论文,但是撰写论文的时候依然很心虚,毕竟流程不是自己写的,怎么能知道其中的优点和弊端呢,再者发现没有点数据分析能力,现在的论文压根就看不懂,看着实验室讲论文时候对测序结果的讲解,有些人的理解匪夷所思,让我起了系统学一下生物信息的想法。


像我们这个年纪的人,谈论歌手不论好恶都绕不开周杰伦;可能自学生信的人,总也绕不开生信技能树吧。。

“老板,我要去珠海报个生信技能树的学徒班,要鸽一个半月”,“去吧”

“老板,要花大几万”,“行”

于是在哪个酷热的暑假,各路同门熬在实验室奋斗时,我鸽了,去了一个更加酷热的地方(手动滑稽)

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摸鱼




于是我痛哭流涕抱紧来之不易的机会不舍昼夜成为了爆肝工程师?非也。很多做生信的都觉得医学狗就会背背书实验狗就会搬搬砖,那我作为做实验的医学狗显然已经处在了食物链的最低端;我还是想说:“医学狗和实验狗做的东西虽然不高大上,每个行业想要成为专业人士都需要付出海量的时间,所以我生信方面什么都不会提着头就到珠海了”

即便如此,我到珠海也有想要完成的目标:

1.看看专业做生信的到底是在做什么,当然,看了≠看得懂

2.与专业生信大神建立联系,得到咨询问题的机会,回去我就能做生信方面的课题了吗(想啥呢,不得先把一个半月的工作填上)

3.专业人士如何教学员入门生信,实验室后辈们想学了该找谁(生信技术哪家强?珠海横琴找健明。

4.回去以后能看懂公众号里的教程,毕竟来日方长!


期间还参加了生信技能树主办的“生物信息学人才发展论坛”,看到了传说中的Y叔、果子、徐洲更等一众大神;于是乎满意而来,满意而去。




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依然在摸鱼


果不其然,回来依然被实验排满,老板大方的购置了服务器,但学习和使用只能安排在实验之余,但是有了珠海的系统入门(其实并没有,但是感觉有!),感觉不方,老板都支持到这种程度了,还有什么好说的呢,干就是了哈。


19年入学至今开始整样本,上台子,切,冻液氮。完成了从联系公司到收样本到送样的整个流程,年末了终于能坐了下了喘口气,在这个过程中,对临床-实验-生信也有了一些感受:

1.建议学生信的,特别是肿瘤学方向的,最好能上一台手术,实际看一下肿瘤是什么样的,然后切开实体瘤观察一下切面,可能会理解为什么要研究肿瘤,为什么一定要研究肿瘤异质性,为什么非得要研究肿瘤免疫微环境不可


2.统计里面讲“拿到数据再去找统计学家,只能给你的结果验尸”,在样本提取Total RNA送样的过程中,操作的影响、切取部位的影响对数据影响巨大。至于处理过的实验材料(细胞系,组织),测序是实验检测手段的一种,各种分析再风骚,也依赖数据源的质量


3.求各位莫要再提出,为何这个研究只用了5对样本,为何正常对照比肿瘤组少,为何选标本时候不先把混杂配平一哈,为何不每个样本做重复,为何不做单细胞。样本收集不易,经费有限,且用且珍惜。

2019年收获多多,感谢老板宽容大度给了我读博的机会,说实话有个好老板真的重要,别的都是虚的。低年级的时候对老板这种无条件的支持,内心其实是拒绝慌得一比(什么想法都行,要钱就给)。年级高了,才知道自由度和得到支持的可贵。


硬广来了

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