下载GEO数据太慢？快用axel

以下笔记分享来自于2019-11月学徒，其实去年也分享过一个类似的下载神器：GEO和GitHub下载神器

---

因为国内需要下载GEO芯片原始数据，但是下载速度真的感人，只有几k。老是找海外的朋友又觉得不好意思，所以就看看github大神有没有什么办法，果然找到了！！！

Axel

Axel 是 CLI (command-line interface) 下的一个多线程下载工具，通常我都用它取代 wget 下载各类文件，适用于 Linux 及 BSD 等 UNIX 类平台。在Ubuntu 上安装 axel 命令是：sudo apt-get install axel

github简介是

• Axel tries to accelerate the download process by using multiple connections per file, and can also balance the load between different servers.

• Axel tries to be as light as possible, so it might be useful on byte-critical systems.

• Axel supports HTTP, HTTPS, FTP and FTPS protocols.

• Thanks to the original developer of Axel, Wilmer van der Gaast, and everyone else who has contributed to it.

基本主流方式都支持了！！！

安装axel

mac安装特别方便，只需要用homebrew就好

####安装brew
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
###安装axel
brew install axel

至于Windows，大家自行搜索哦。

然后下面的参数，我简单罗列处理，我的命令如下：

axel -n 20 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12452/suppl/GSE12452_RAW.tar
###这里我只指定了连接数，还可以指定最大下载速度等等
#--max-speed=x        -s x    Specify maximum speed (bytes per second)
#--num-connections=x    -n x    Specify maximum number of connections
#--max-redirect=x        Specify maximum number of redirections
#--output=f        -o f    Specify local output file
#--search[=n]        -S[n]   Search for mirrors and download from n servers
#--ipv4            -4  Use the IPv4 protocol
#--ipv6            -6  Use the IPv6 protocol
#--header=x        -H x    Add HTTP header string
#--user-agent=x        -U x    Set user agent
#--no-proxy        -N  Just don't use any proxy server
#--insecure        -k  Don't verify the SSL certificate
#--no-clobber        -c  Skip download if file already exists
#--quiet            -q  Leave stdout alone
#--verbose        -v  More status information
#--alternate        -a  Alternate progress indicator
#--help            -h  This information
#--timeout=x        -T x    Set I/O and connection timeout
#--version        -V  Version information

image-20200214234833005

速度真的很不错！！！2分43s下完

image-20200215000822209

另一个数据集

axel -n 20 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE13nnn/GSE13597/suppl/GSE13597_RAW.tar

image-20200215000924019

其实也可以写脚本循环下载，我就2个数据集，就这样吧。

有一点不满意，会在99%卡一会。。搞不懂为什么。

文末友情宣传

强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：

• 全国巡讲全球听（买一得五） ，你的生物信息学入门课

• 生信技能树的2019年终总结  ，你的生物信息学成长宝藏