数据挖掘第2期（两天变三周，实力加量）

这里是生信技能树专为医学生/医生而准备的生信线上课程，如果你也想学习公共数据挖掘技能而苦于无人带领，想学习生信却对代码望而却步，这门课程可能是你最好的选择~

1 课程介绍

1.1 课程起源

生信技能树线下教学团队在生信菜鸟团博客、生信技能树论坛及同名公众号上万篇教程的基础上，经历 5 年沉淀和发展，又从线上走向线下，经过 20+场“生信入门课”全国巡讲线下培训的历练，探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程，循序渐进地带你越过初学生信的障碍，用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。

从 2019 年 11 月起，每月初的第一个周末（逢节假日有调动），我们团队都会在广州举办一次数据挖掘专场课程，小班授课；受疫情影响，线下培训无法按时开展，原来的全国巡讲改为了“全球听”，数据挖掘课也顺应潮流，推出线上课程，原来的两天课程改为三个周啦！

1.2 与全国巡讲全球听的异同点

相同点：前两周课程是完全一致的，都是 R 语言基础与 GEO 分析；

不同点：

全国巡讲全球听为期 4 周，后续课程是linux 基础和转录组上游、下游分析；对应的线下课程是在全国各城市巡回开班，每月 2 场，学费是 3699。

数据挖掘班第三周课程是GEO 进阶分析实战和 TCGA 数据分析；对应的线下课程目前仅在广州开设，每月 1 场，学费 2399。（报名线上课程后，如需再参加线下课程，补交 500 元场地费即可）

2 时间地点

时间：第二期是5月4号开始，为期三周。

每周五天课程（周三、周日休息），每天晚上 8：00~11：00，每次3 小时线上互动直播，总时长45 小时。

地点：由你定，前提是需要稳定的网络。

直播课程提供回放，即使你时间安排不开，也是可以第二天抽时间补上的，而且有专门的微信群答疑！

3 大纲

R 语言基础与强化训练

GEO 数据库挖掘分析思路与标准流程

多数据集与多分组数据处理

复现一篇 GEO 文献的全部图表

TCGA 介绍与示例文献解读

TCGA 数据库挖掘分析思路与分析流程

4 详细课表

5 课前准备与课后答疑

开课前一周为课前准备时间，团队会保障大家顺利安装软件、R 包；课后一个月为快速答疑期，将在微信群详细解答学员提出的问题。（群不解散，一个月后仍可提问，但不保证响应速度）

我们不仅关心你的课前课中课后，还设计了课上和课后的强化练习题，且会根据所有学员的反馈不断升级课程，因为用心，所以更好！

6 授课团队

孙老师，生信技能树核心成员，生信星球公众号创办人之一，简书、公众号原创作者、今日头条认证优质作者。自 2018 年 5 月起，在各写作平台分享了数百篇生物信息学笔记、教程，累计 18 万字（字数统计不包括代码），如《详解 R 数据科学》，《蛋白结构预测与分子对接》、《R 包 shiny 开发网页》、《ggplot2 作图》、《GEO 数据挖掘》、《TCGA》、《R 包开发》等系列；

2018 年 8 月至今，开办了 47 期线上学习小组，指导了 300+名生信小白零基础入门，十分了解初学者入门生信的障碍和常见问题；

2019 年 1 月至今，担任生信技能树团队线下讲师，主讲了全国巡讲的 R 语言和 GEO 数据挖掘部分、广州专场 GEO 数据挖掘课和多场上门培训，累计 30 多场。

课堂轻松有趣，重点明确，讲练结合，给学员充分的练习和试错机会，掌握必备的数据处理、挖掘、可视化等技能。

配备生信技能树强大的助教队伍，他们基础扎实、数据分析经验丰富，并多次参与线下课程助教工作，全方位保障你的入门！

7 学员福利

7.1 第一个福利 买一得五

报名2020数据挖掘线上班的全新教学项目者，除了可以参加45个小时的线上视频直播课程，以及一次广州的线下学习班之外，还可以继续享受5个福利：

Linux系统入门视频及配套习题免费领取

• Linux云服务认识及登录

• 操作系统目录和文件操作

• 文本处理基础及进阶三驾马车

• 元字符，通配符及shell中的各种扩展

• 软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量

• 任务提交及批处理

• 软件安装及管理

• 其它视频课程及PDF书籍全套

R语言系统入门视频及配套习题免费领取

• 了解常量和变量概念

• 加减乘除等运算（计算器）

• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）

• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）

• 文件读取和写出

• 简单统计可视化

• 无限量函数学习

• 其它视频课程及PDF书籍全套

RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取

RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充：

但凡有Linux基础以及R语言认知，听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦！

而且我们还继续赠送单细胞转录组数据分析课程！

GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取

GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码，在：一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ，和免费的数据分析付费的成品代码 。当然了，需要你具备R语言基础知识，才有可能看得懂和使用我们的完美代码！

关于TCGA数据挖掘，大多数需求其实也就是差异和相关性，生存分析等等，我们的视频目录如下：

• P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识

• P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码

• P3-TCGA-103--TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水

• P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全

• P5-TCGA-202-其它数据库介绍

• P6-TCGA-203-使用Xena网页工具

• P7-TCGA-204-使用firehose网页工具

• P8-TCGA-205-文章规律讲解

• P9-TCGA-301-数据下载方式导言

• P10-TCGA-302-GDC下载数据实战

• P11-TCGA-303-GDC数据整理

• P12-TCGA-304-GDC下载数据续集

• P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取

• P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据

• P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较

还有很多学员笔记：4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦

表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取

• 01 果蝇参考基因组和注释文件准备

• 02 文献测序原始数据下载

• 03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤

• 04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling

• 05 RNA-seq 数据从比对到定量

• 06 用幕布展示此课程目录

• 07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效

• 08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化

• 09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化

• 10 根据差异倍数来计算样本间相关性

• 11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化

• 12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化

• 13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性

• 14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量

• 15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6

• 16 样本间 Peaks 交集韦恩图

• 17 基因组版本注释转换

• 18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理

• 19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化

• 20 多个 bw 文件进行可视化

• 21 获得差异表达基因 bed 文件

• 22 对多个基因集进行富集分析

如果你确实是第一次接触我们生信技能树，那么首先恭喜你，你找到家了，先看看我们以前的成果：

根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论，资料其实并不缺，大家缺的是第一步，是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务，所以我们才有线下培训，亲自帮你解决电脑面前的报错，让你的入门不再忐忑。预祝2020年的你，在我们友好的教学团队带领下入门后，生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏！

7.2 还有惊喜福利

我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利

• 搜索技巧、学习方法、效率工具；

• 文献查找、翻译、下载、管理工具；

• PPT 技巧、云同步工具、资料推荐。

8 报名与注册

注册费 2399 元，可开发票。如果仅仅是参加网课，那么缴费2399即可。如果同时要参加线下学习班，可以预缴500元场地费或者到时候考虑好了再缴费，我们会提前一个月发布开课通知的（线下课目前仅限广州地区哦）！

添加小助手微信即可咨询报名。⏬

最后一个小惊喜，不仅仅是学到数据挖掘， 参加培训相当于进入生信技能树小圈子，解锁更多学习资料更方便！