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人类基因信息的“百事通”genecards

2017-06-28 夏梦馨 ActionFree ActionFree

Genecards:The Human Gene Database 是由Weizmann Institute of Science in Israel的 Crown Human Genome Center 发展和维护的一个可检索的综合基因信息数据库,该数据库整合了125个网站信息,可提供基因的基因组学、转录组学、蛋白质组学的信息以及遗传、临床和功能的信息。

网址:http://www.genecards.org/

应用场景:你想知道一个基因的功能的所有场合,包括听报告的时候别人提到的基因,文献中出现的基因,你的新课题将要研究的基因想要了解下这个基因到底是个啥的时候;想要检索一个基因的位置、功能、表达量的时候;想看看基因是不是跟疾病有什么关系的时候;做实验的时候想看看这个基因是不是有动物模型的时候……

局限:单基因检索,如果你有一个大批量的基因列表,请绕道到GeneAlaCart(https://genealacart.genecards.org/) 或GeneAnalytics(http://geneanalytics.genecards.org/ )

使

首先gencards的界面长这样的:


界面注释如下(请注意红色的框框和注释O(∩_∩)O~)

下面以HLF 基因为例,使用百度脑图为大家梳理一下genecards提供的信息。

在Explore a Gene 区域输入HLF, 点击GO,来到HLF基因的信息页面,如下:

 (……显示不全**因为很长……)

Jump to section 为快速导航栏,利用字母顺序排序,每个section为一个蓝色的条形标题下的内容,自上而下依次是:基因别名,总结,基因组,蛋白,同源域/基因家族,功能,定位,通路/相互作用,药物/复合物,转录本,表达,直系同源,旁系同源,变异,疾病,出版物,资源。

便于大家有一个整体的把握,使用百度脑图,整理如下

(思维导图中所有带有加号的栏目,都具有二级的标题,包含了更详细的内容)

其中 Aliases 基因别名栏目包含如下信息:

总结为:

Genomics栏目,包含了调控元件,调控元件产物,表观遗传产物,基因组位置等信息,如下:

protein栏目包含:

在此不一一列举,感兴趣的小伙伴可在公众号中回复“genecards”获得整个百度脑图的链接。

其中小编平时比较关心的栏目包括:

Summaries  

可以对基因的功能有个大概的了解,整体把握该基因。

 Localization

了解基因的亚细胞定位。

 Function

了解基因的功能,包括该基因的分子功能,GO注释情况,临床疾病表型,以及是否受非编码RNA调控等。同时可结合pathway & interaction 栏目中的信息,查看该基因参与的通路和与之有相互作用的蛋白。

 Expression

了解该基因在不同组织,不同细胞类型中的表达量,对于理解该基因在一些复杂疾病中可能发挥的作用非常重要。

方便快捷,信息全面是genecards的特点,按需获取,你也用起来吧!


公众号回复“genecards”获取思维导图链接

作者:夏梦馨

封面来源:陈乐,摄于丹麦,有趣的木制品餐具

文章图片:网站截图/百度脑图截图

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