摆脱“连锁不平衡”造成的心理阴影
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Hi～各位客官～ 今天代班的是Lunar！第一次见面想大家一起聊一聊关于曾经困扰我多时的一个概念
连锁不平衡
（LD, Linkage disequilibrium）
在遗传学相关文献中总是看到这个词，却百思不得其解。连锁不平衡是啥？完全连锁是啥？r2又意味着啥？wiki上对于连锁不平衡的解释是：In population genetics, linkage disequilibrium is the non-random association of alleles at different loci in a given population.
我：？？？
以至于后来每每在文献中遇到连锁不平衡的时候，我的内心就开始不太平衡。经过我闭关修炼，终于让我自己给总结出了最简单最白痴最容易记的定义。（大神可以无视）
连锁不平衡指的是染色体上两个位点（也可以是基因）同时出现的概率不是随机的，他们总是同时出现。也就是有A总有B。match
这就很容易理解，让我们想象一个极端情况，当我们说A位点上的碱基C与B位点上的碱基T完全连锁的时候，我们的意思是这两个位点处于完全连锁不平衡的状态，也就是说，当我们看到A位点为C时，可以百分百确定B位点的碱基一定是T。而r2代表着这两个位点的连锁程度，当r2 越接近于1时这两个位点的连锁程度越大。当r2 越等于1时也就意味着这两个位点完全连锁。
了解了基本概念之后自然而然就出现一个问题了。当我们讨论连锁不平衡的时候，我们在讨论着什么？
在遗传学研究中，连锁不平衡常常有着这三个作用
在lunar眼中，总觉得imputation是个很高级的事情。在lunar博士师兄一次又一次介绍之后，我恍然大悟！嗨，不就是填空嘛！上文既然说过了连锁不平衡指的是染色体上两个位点（也可以是基因）他们总是同时出现。 我们就可以根据这个现象来推测哪些未被检测出的SNP的位点的情况。至于基因组上位点连锁的概率，千人基因组计划已经为我们准备好啦！
首先，啥是tag SNP呢？它是一种在高度连锁不平衡的基因组区域中具有代表性的SNP，在经费不足的情况下通过检测tag SNP的方法相当于能够检测和它LD的这一片区的情况。那tag SNP有啥用呢？我们举个例子来看：
请大家想象一下，如果我们选择S1, S2, S3三个SNP能够区分出四个不同的单倍型吗？
明显是不行的，因为p1和p4是一样的
那么选择S3, S4, S5三个SNP的结果又是怎样呢？
很容易就选出来了对不对！
这就是通过tag SNP 来区分单倍型的基本原理。
所以当你的GWAS结果是下图时，你心中就要拉起警报了！因为这很有可能是一个假！阳！性！的点
而一般来讲，结果应该是这样的
好啦，今天关于连锁不平衡的知识就介绍到这里了～最后告诉大家一个小秘密其实两个tag SNP就能做到区分四个单倍型的工作哦！你找到了吗？不如在评论区告诉其他小伙伴⬇️ ⬇️ ⬇️
作者：Lunar
封面图片：吴晓欣，摄于澳大利亚~拜伦湾
文章图片：来源于网络及文献
1. Wang W B, Jiang T. A new model of multi-marker correlation for genome-wide tag SNP selection[J]. Genome Informatics, 2008, 21: 27-41.
2. Qin H, Samuels J F, Wang Y, et al. Whole-genome association analysis of treatment response in obsessive-compulsive disorder[J]. Molecular psychiatry, 2016, 21(2): 270-276.