实操 | FEM包代码示例

在介绍了FEM包的由来之后，小编今天要带大家跑一跑FEM包，我们开始吧~

第一步：安装FEM包 并加载

因为FEM包是bioconductor平台的包，所以先要安装R语言和Bioconductor。同时，FEM包中引用了其他包的功能（例如limma包），因此R的版本要尽可能的高。

另外，因为FEM包引用了其他很多包，所以安装时间可能会比较长，要耐心等待哦！代码如下：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite(“FEM”)

library(FEM)

第二步：数据处理

读入甲基化数据和表达数据，并进行表型关联处理。值得注意的是，表达数据需要用Entrez ID表示基因名。

methydata<-read.csv(“methy.csv”,header=T)

expdata<-read.csv(“exp.csv”,header=T)

statM<-GenStatM(methydata,pheno.v) 

#pheno.v即表型向量，是与表型相关的参数

starR<-GemStatR(expdata,phenol.v)

下图分别展示了计算完的statM和statR：

第三步：进行FEM计算

终于到了关键的计算步骤了，我们首先将上步得到的结果进行准备：

intFEM<-list(statM=statM,statR=statR,adj=adj) 

#adj即蛋白相互作用网络的邻接矩阵

fembi<- DoFEMbi(intFEM,nseeds=100,gamma=0.5,nMC=1000,sizeR.v=c(1,100),minsizeOUT=10,writeOUT=TRUE,nameSTUDY="test",ew.v=NULL)

##这里计算同样需要一点时间，请耐心等待哦！

第四步：画图和查看结果

fembi$fem可以查看计算得到的模块的细节

fembi$topmod$HAND2可以查看HAND2基因的计算结果

下面两个命令可以画出指定基因的热图：

HAND2.mod<- fembi$topmod$HAND2

HAND2.graphNEL.o=FemModShow(fembi$topmod$HAND2,name="HAND2", fembi)

当然你可以选择把所有的模块图一次性画出来：

for(x in 1:length(names(fembi$topmod))){

FemModShow(fembi$topmod[[x]],

name=names(fembi$topmod)[x],fembi)}

以上就是FEM包的主要代码啦~

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作者：冯生

封面图片：来源于网络

文章图片：冯生提供

编辑排版：夏梦馨

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