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0门槛,超好用!仅需2步即可开始GROMACS进行分子动力模拟!

北鲲云 2023-01-17


随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展,以及大量与人类疾病相关基因的发现,药物作用的靶标分子急剧增加;

计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物的方法;

在计算机技术推动下,现在每项有一定规模的新药研究工作中,计算机辅助药物设计的研究都是一个基本的工作,世界上绝大多数制药公司都在使用计算机技术,致力发展该技术,应用前景十分广阔。


分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法,能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律,促使我们的研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。分子动力学模拟在生物、药学、化学、材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用。


在分子动力学模拟中,一般需要模拟微秒级或毫秒级的病毒或肿瘤蛋白折叠过程才能积累到足够的样本量,因此需要用到高性能计算来进行分子动力学模拟。


高性能计算具有优化存储环境、缩短企业综合成本、计算服务更灵活等优势。户在使用高性能计算来进行分子动力学模拟时,会遇到一些常见的问题:

NO.1 算力不足

传统的服务器算力不足导致算得慢    

在科研竞赛中显得力不从心      


NO.2 任务排队

计算节点同时服务的项目有限,

经常需要排队等待计算资源             

 NO.3 成本高昂

建立大型计算中心一次性投入巨大   

且后期维护成本高昂         

NO.4 弹性不足 

闲时资源浪费

与忙时算力不足的情况交替发生            


那是否有一种方案,即不需要大规模投入和高昂的维护成本,又可以像使用本地机一样方便地调用大量算力;既能保证算力需求峰值的算力供应,又无需负担闲时的闲置成本;既能低成本计算普通的任务,也能通过调用大量资源加速完成计算任务?


Cloudam云端一站式云超算平台


Cloudam云端一站式云超算平台是基于公有云的高性能计算云平台,通过对阿里云、腾讯云、AWS、微软云、谷歌云等五大主流公有云的资源整合,配合独有的并行计算调度管理模块,能为用户快速构建与安装部署一个“独享式“云端超算中心资源。


与传统超算中心以及自建HPC集群相比,Cloudam云端提供了快捷、弹性、经济、安全的公共云高性能计算服务。


1.不需要前期投入与运维成本,可以按需购买,即买即用。

2.在全球拥有25个地域节点,超过10万台服务器,整合海量云端异构资源,提供目前最先进的CPU及GPU在内的多种型号计算资源。

3.可在10分钟内启动上万台服务器资源,也可在计算完成后立即关闭,是目前弹性最好的高性能计算云平台。为用户省去了排队等待时间,也能根据用户需要大大加速计算进度。


使用Cloudam云端一站式云超算平台

来进行分子动力学模拟


分子动力学模拟软件GROMACS的应用广泛、功能强大、用户友好,支持CPU及GPU并行模拟,能够满足几乎所有常见的原子体系模拟需要,而且免费开源。采用GROMACS进行分子动力学计算分析从而指导进一步的实验工作,预测理论结果。


Cloudam云端一站式云超算平台预装了GROMACS最新的2020版本,并使用编译优化机制使得它能以更高的性能运行在Cloudam云端的CPU及GPU节点上

(长按下方二维码,立刻获取完整案例)


只需2步即可开始GROMACS进行分子动力模拟


Step1:

登录云E控制台,启动SSH连接


Step2:

点击SSH连接进入命令行,即可使用GROMACS

(点击“阅读原文”提交表单开启免费试算体验)


Cloudam云端一站式云超算平台同时也支持VMD、 AMBER、NAMD等其它软件进行分子动力模
立刻使用Cloudam云端一站式云超算平台,即可开启简单、快速、便捷的高性能计算之旅,无需再为繁琐的细节而烦恼,就能沉浸于专业研究与创新中。


现在参与活动有机会获得

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