Alphafold2初体验|24小时并行完成1000个蛋白质结构预测

历史上有科学家耗费几十年时间才能得到一个清晰的蛋白质三维结构，蛋白质三维结构的测定成了生物学领域非常困难的研究。Alphafold2的出现，为蛋白质三维结构研究提供了新的突破口。

上个月北鲲云超算平台上线了AlphaFold2，针对客户最关心的适配、计算效率、运行成本等问题，今天为大家介绍三个典型客户案例，方便大家更直观的了解。

计算904个氨基酸耗时6.33小时

客户A是某高校生命科学学院的博士，从事结构生物学研究。在初次体验过程中，他选择可视化作业提交方式，直接使用可视化输入框完成AlphaFold2配置，调用1张Nvidia V100卡计算有904个氨基酸序列的fasta文件，耗时6.33个小时完成了预测，耗费体验金31.65元。

计算5个fasta文件耗时4小时

客户B是某医院内分泌科的主治医师，希望借助AlphaFold2预测疾病突变位点的功能结构。在初次体验过程中，他选择命令行的作业提交方式，通过命令行编辑AlphaFold2配置，调用一张Nvidia V100卡计算5个fasta文件，每个fasta文件拥有300-550个氨基酸序列，耗时4个小时完成预测，耗费体验金20元。

并行完成1000个蛋白质结构预测耗时24小时

客户C是某实验室的研究员，从事神经结构生物学研究，需要计算高分子量蛋白结构。北鲲云超算平台支持一个任务可对超过100个fasta文件进行并行alphafold2蛋白结构预测，每个fasta文件可调动1张独立的Nvidia V100卡。当fasta文件计算结束后，独立的GPU加速卡也将自动释放，杜绝资源的浪费。在初次体验过程中，客户C通过命令行的方式对1000个蛋白质序列进行批量大规模并行计算，最终耗时24个小时完成了预测，耗费金额10000元。

从上述数据来看，Alphafold2在北鲲云超算平台运行良好，可满足超大规模并行计算需求，有效缩短任务运行时间和控制任务运行成本。北鲲云还根据不同客户需求，提供了不同的作业提交方式，可视化是更加便捷的方式，无需任何Linux、Python知识就可以直接使用；命令行则是更加高效的作业提交方式。

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